Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,768,309 | T→G | 8.7% | E183A (GAG→GCG) | PP_4218 ← | lipase/esterase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,768,309 | 0 | T | G | 8.7% | 103.1 / 2.4 | 43 | E183A (GAG→GCG) | PP_4218 | lipase/esterase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/16); new base G (2/2); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
GCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCT > NC_002947/4768166‑4768458 | gCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCt > 1:457413/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCGCGAGCTgcc < 1:185484/150‑2 (MQ=255) gcggCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGCCACCGGGTCGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCa > 2:813824/3‑150 (MQ=255) ggCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGc < 2:272801/150‑1 (MQ=255) gCGTATTTCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTACCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGcc > 2:826577/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCCACTGGtt > 2:128517/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGtt < 2:801675/150‑1 (MQ=255) cTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTACCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGtt < 1:826577/150‑1 (MQ=255) gAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAg > 1:371699/1‑150 (MQ=255) gAACCACT‑CAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGa > 1:387904/1‑150 (MQ=255) ccACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAAt > 2:325486/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGt < 2:822598/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTa < 1:288316/150‑1 (MQ=255) tGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTa > 1:599062/1‑150 (MQ=255) ttCAAGCAGGTAACCGCTACCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGAGCATTACCTGCAGGCGCGGTGCGGGCACCGCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAACGGTAGCCAGGCTaccacc > 2:685802/1‑150 (MQ=255) gCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCCGGCTACCACCGacac > 2:410507/1‑150 (MQ=255) gTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTc > 1:206796/1‑150 (MQ=255) cATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCAGAGGTCACCGGGGAGCTCATTAACTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTCGTTGGCCAGGGTGGTAGGCGGGCTACCACCGACCCGGTCGCCCcccaccc > 2:82843/1‑149 (MQ=255) aTAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGc < 2:830555/150‑1 (MQ=255) aTAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGGAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGc > 1:293150/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTgcgc > 2:550875/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCaa > 2:749023/1‑149 (MQ=255) ccgccgGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGAt > 1:78600/1‑150 (MQ=255) aaCTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAgcg > 2:119226/1‑150 (MQ=255) ggCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTc < 1:119226/150‑1 (MQ=255) gccctggTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCg > 1:29868/6‑150 (MQ=255) gCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCg < 2:371699/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGc > 1:578540/1‑150 (MQ=255) cGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCt < 1:325486/150‑1 (MQ=255) gTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCTGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGt < 1:653323/77‑1 (MQ=255) gTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCTGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGt > 2:653323/1‑77 (MQ=255) ccGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCTAGCGCCTCGGCCTGCTCGa < 1:629792/150‑1 (MQ=255) gATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGaccaacca < 2:682363/150‑1 (MQ=255) aTCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAg > 1:461678/1‑150 (MQ=255) caCCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCCCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTCGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACCGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCa < 2:599062/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGacc < 2:490973/131‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGacc > 1:490973/1‑131 (MQ=255) gcgcGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAg > 1:461985/1‑150 (MQ=255) cgcgGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAgg < 2:461678/150‑1 (MQ=255) tgcgCAGCGCGAGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGt > 1:78299/4‑150 (MQ=255) ggCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCa < 1:550875/150‑1 (MQ=255) gCAGCGCGAGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCAc < 2:78299/150‑1 (MQ=255) gCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTgg < 2:457413/150‑1 (MQ=255) tCGCACTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCTATGCCCAACGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCt > 2:77724/1‑150 (MQ=255) | GCACCGTGGCGTATTGCTGGTAGAACCACTCCAGGGTCTGCGCTTCAAGCAGGTAACCGCTGCCATAGCGCTGCACCGAAGGCCGCCGGCAACTGGCATCGGTCACCGGGTAGATCATTACCTGCAGGCGCGGTGCCGGCAGCTCGCGCTGCGCAGCCAACTGGTTGGCCAGAATGGTAGCCAGGCTACCACCGACACTGTCGCCCACCACCGCCAGTCGCTGCGCATCGATGCCCAGCGCCTCGGCCTGCTCGACCAACCAGCGCCAGGCATCCAGGGCATCGTCACTGGCT > NC_002947/4768166‑4768458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |