| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,824,196 | A→G | 13.2% | F2347L (TTC→CTC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,824,196 | 0 | A | G | 13.2% | 107.2 / 8.1 | 46 | F2347L (TTC→CTC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/22); new base G (2/4); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
TGGGCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAG > NC_002947/4824048‑4824337 | tGGGCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAAc < 2:347170/150‑1 (MQ=255) ttcgcgaCGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAAGTCGCCATgg > 1:29735/7‑150 (MQ=255) aGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAGTTCGCCATgc < 2:569415/150‑2 (MQ=255) aGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATgg < 1:79204/150‑1 (MQ=255) aCCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAGTTCGCCATgcact < 1:754495/150‑5 (MQ=255) cgcgcACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGaccacc < 2:519039/150‑1 (MQ=255) gcgcACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGAccacca > 1:286210/1‑150 (MQ=255) cgcACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACcaccac < 1:326438/150‑1 (MQ=255) gcACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGTCAG‑CCATGGCGAGTTCGCCATgcactgcc > 1:36245/1‑137 (MQ=255) gcACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGTCAG‑CCATGGCGAGTTCGCCATgcactgcc < 2:36245/144‑8 (MQ=255) cacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATgg < 1:278422/132‑1 (MQ=255) cacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATgg > 2:278422/1‑132 (MQ=255) cGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGcc < 2:598639/150‑1 (MQ=255) ggCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCg < 2:521798/150‑1 (MQ=255) ccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAGTTCGCCATgcact < 2:238426/121‑5 (MQ=255) ccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAGTTCGCCATgcact > 1:238426/1‑117 (MQ=255) acaGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGc > 1:279232/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGCCGGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCa > 2:23004/1‑150 (MQ=255) gCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAgg < 2:606245/150‑1 (MQ=255) gTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCATGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTa > 2:742272/1‑150 (MQ=255) tGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCCGAACGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGt < 1:437920/150‑1 (MQ=255) aaTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCg > 1:351389/1‑150 (MQ=255) tAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGGGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGc < 1:23004/150‑1 (MQ=255) aaaTGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAgg < 2:279232/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAg < 1:600357/150‑1 (MQ=255) tCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTg > 1:67713/1‑150 (MQ=255) gCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCGGGGGGCCCACG‑CGTGTGGTTTCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTc < 2:29735/150‑1 (MQ=255) atcatcGGTGCGAGTGCCGAATGCGGCGGGCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAg > 2:825229/1‑150 (MQ=38) catcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGCCGCCATAGCGTCGGCTGACCACCACACCCTTAGGGTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCg > 1:744409/1‑150 (MQ=255) atcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGtt > 1:762496/1‑141 (MQ=255) atcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGtt < 2:762496/141‑1 (MQ=255) tcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAg > 2:714104/1‑99 (MQ=255) tcGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAg < 1:714104/99‑1 (MQ=255) gCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAg > 2:615969/1‑99 (MQ=255) gCCGAATGCGGCGATCACCGACTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAg < 1:615969/99‑1 (MQ=255) ccGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAg > 2:125969/1‑150 (MQ=255) ccGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAg < 2:744409/150‑1 (MQ=255) cGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAgg < 2:394790/98‑1 (MQ=255) cGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAgg > 1:394790/1‑98 (MQ=255) tCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAg > 2:372251/1‑137 (MQ=255) tCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAg < 1:372251/137‑1 (MQ=255) aCCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg > 2:123233/1‑150 (MQ=255) cGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcggc > 1:642625/1‑150 (MQ=255) gg‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGt < 2:67713/150‑1 (MQ=255) aGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑CTCATTTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCtt < 2:286210/150‑1 (MQ=255) cATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAg < 2:642625/150‑1 (MQ=255) | TGGGCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGG‑CAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAG‑ATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAG > NC_002947/4824048‑4824337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |