Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,848,199 | G→A | 13.8% | L81L (CTG→CTA) ‡ | PP_4263 → | cytochrome biogenesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,848,199 | 0 | G | A | 13.8% | 84.4 / 5.1 | 36 | L81L (CTG→CTA) ‡ | PP_4263 | cytochrome biogenesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/19); new base A (3/2); total (15/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
ACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGC > NC_002947/4848052‑4848338 | aCTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAg‑cgctggc > 2:660776/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCCATCCCACCCGAACAACGCGGCAAGGGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTAGGGCGCATTTTCAGCTATGCGTGCTCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGACGTGGCCAACAGCCCGGCAG‑CGCTGGGGCTGc < 2:177007/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCCAGCGCTGcc > 1:592303/1‑149 (MQ=255) ggCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGggt < 1:823160/150‑1 (MQ=255) ggCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCCAGCGCTGCcggg < 2:592303/150‑2 (MQ=255) cATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGggtggt > 2:853180/1‑150 (MQ=255) ccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGc > 2:190705/1‑150 (MQ=255) ccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGc > 2:530799/1‑150 (MQ=255) ccccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGCGTGGTCGCGGc > 2:601759/1‑150 (MQ=255) ccGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCATGTTGCTAGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCAc > 1:810302/1‑150 (MQ=255) aacGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCAGGCGTAAAACCTGGGGCCCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTTGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCActgctgc < 2:180620/150‑1 (MQ=255) gcgGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGa < 1:766139/150‑1 (MQ=255) cctgcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCCTTTTCCGCTATGCCTTCGCCGGCCGGTTGCTGGGCCT‑GCCGCTTGGGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATggg < 1:405832/150‑1 (MQ=255) ctgcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGc < 1:853180/150‑1 (MQ=255) ctgcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGc < 1:530799/150‑1 (MQ=255) gcgcctgTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCt < 1:483262/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGCGTACAACCTGGGCCTCACCTTCATCGATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTg < 1:402914/150‑1 (MQ=255) tGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCg > 1:733528/1‑150 (MQ=255) tGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCCGCGCAGGCGTGTGGCTGGGCGGGCCCGGCT‑GTGGCGTGGCCTGCAG‑CCGGAAGACGGCAGCGGTGCTGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGACCTGTTCGTGGCCg > 1:619367/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAg > 1:420942/1‑150 (MQ=255) tGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCg > 1:669768/1‑150 (MQ=255) ggCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGc < 1:660776/150‑1 (MQ=255) gcATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGa < 2:810302/150‑1 (MQ=255) cATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGAc < 1:460239/150‑1 (MQ=255) aTTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCAc > 1:121271/1‑97 (MQ=255) aTTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCAc < 2:121271/97‑1 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTa < 2:371433/150‑1 (MQ=255) cTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGa < 1:748935/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACt > 1:92951/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGt < 1:769380/135‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGt > 2:769380/1‑135 (MQ=255) ggCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTggcgg < 2:420942/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTggcggc < 2:523026/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCatat > 2:633291/1‑150 (MQ=255) ccgCAG‑CGCCAGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCat < 2:344641/120‑1 (MQ=255) ccgCAG‑CGCCAGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCat > 1:344641/3‑122 (MQ=255) cGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATtgctgc < 1:633291/150‑1 (MQ=255) | ACTAACCTTGGCCATCCCCCCCGAACAACGCGGCAAGCGCCTGCGCCTGTTGCTGGCGTACAACCTGGGGCGCATTTTCAGCTATGCCTGCGCCGGCCTGTTGCTGGGCCTGGCCGGCT‑GGGCCGTGGCCAGCAGCCCGGCAG‑CGCTGGCGCTGCGGGTGGTCGCGGCACTGCTGCTGATTGCCATGGGCCTGTACCTGGCCGGCTGGTGGAGCGGGCTGACCCGTATCGAGGCACTGGGCCGCGGGCTGTGGCGGCATATCCAGCCGGTGGCGTCGCGATTGCTGC > NC_002947/4848052‑4848338 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |