| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,931,240 | A→G | 15.8% | S59P (TCC→CCC) | cheY ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,931,240 | 0 | A | G | 15.8% | 82.4 / 8.9 | 38 | S59P (TCC→CCC) | cheY | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/17); new base G (3/3); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
GCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCATCGTCG > NC_002947/4931102‑4931386 | gCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCa < 2:120199/150‑1 (MQ=255)gCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCa < 1:415143/150‑1 (MQ=255) cTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGGCATGTCCGGCAt < 2:484973/150‑1 (MQ=255) acaTAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc < 2:711832/147‑1 (MQ=255) acaTAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTc > 1:711832/1‑147 (MQ=255) aTAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTc < 2:729037/150‑1 (MQ=255) aaCCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGCACATGCACGGCATGTTCCAGTCgg > 2:375044/1‑150 (MQ=255) ttGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGATCAACAGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGAACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCAcc > 1:794424/1‑150 (MQ=255) cGCTTCAATGATCTGGGCGCGCTTGGTTTCAGCGGTCACCATCAAATCCGGTATGATTTTCAACTTGTCGCTGGCACGCACTTTACCCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCACGGCCTGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGAcc < 1:375044/150‑1 (MQ=255) aTGATCTGGTCGCCATTGACTTCAACGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGTCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTcc < 2:394817/150‑1 (MQ=255) tGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTa > 1:522166/1‑136 (MQ=255) tGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTa < 2:522166/136‑1 (MQ=255) cTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAg < 1:790047/119‑1 (MQ=255) cTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAg > 2:790047/1‑119 (MQ=255) ttCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCgtggt > 1:638538/1‑150 (MQ=255) aCCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTcc > 2:2544/1‑120 (MQ=255) aCCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTcc < 1:2544/120‑1 (MQ=255) aTCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCt > 2:232122/1‑150 (MQ=255) gACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTtcgtc < 2:95294/150‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTc > 1:750276/1‑69 (MQ=255) tttCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTc > 1:750266/1‑69 (MQ=255) tttCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTc < 2:750276/69‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTc < 2:750266/69‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGaaca < 2:638538/150‑3 (MQ=255) aGCTTGTCGCTGGCACGGGTTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAAccc < 2:794424/150‑1 (MQ=255) ttGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGt > 2:29211/1‑88 (MQ=255) ttGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGt < 1:29211/88‑1 (MQ=255) acgcacTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAg > 2:489846/1‑150 (MQ=255) gcacTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGGCATGTCCGGCAtc < 2:489988/41‑2 (MQ=21) gcacTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGGCATGTCCGGCAtc > 1:489988/1‑40 (MQ=21) gaacaTGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTc < 2:391893/132‑1 (MQ=255) gaacaTGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTc > 1:391893/5‑136 (MQ=255) gTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGaaa < 1:677587/115‑1 (MQ=255) gTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGaaa > 2:677587/1‑115 (MQ=255) gATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCAt > 1:290244/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGGCATGTCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCAtc > 2:259072/1‑150 (MQ=255) ccGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCAtcgtc < 2:290244/150‑1 (MQ=255) cGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCAtcgtcg > 1:366101/1‑150 (MQ=255) aCATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTg < 2:426894/98‑1 (MQ=255) aCATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTg > 1:426894/1‑98 (MQ=255) | GCTTGACCACATAACCATTGACGCCAGCCTGGGCCGCTTCAATGATCTGGTCGCGCTTGGCTTCAGCGGTCACCATCAAGACCGGCATGCTTTTCAGCTTGTCGCTGGCACGCACTTTACGCAGCAGGTCGATGCCGGACATGCCCGGCATGTTCCAGTCGGTCACCAGGAAGTCGTAGTGACCGTTTTCCAGCATCGGCAACGCCGTGGTGCCGTCATCGGCTTCGTCGGTGTTGGTGAAACCCAGGTCACGCAACAGGTTCTTGATGATCCGCCGCATCGTCG > NC_002947/4931102‑4931386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |