| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,973,089 | G→C | 10.3% | S168S (TCC→TCG) | flgL ← | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,973,089 | 0 | G | C | 10.3% | 111.9 / 4.7 | 39 | S168S (TCC→TCG) | flgL | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/17); new base C (2/2); total (20/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
GGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTG > NC_002947/4972942‑4973236 | ggtggCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCAGGCGACTGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGa < 2:663856/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTCCCGTCATCTGGCGTCTGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTTGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCCGACAcc > 1:363899/1‑150 (MQ=255) gAGGTCAACAGGCCGCCATACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCCGACACCttg < 2:363899/150‑3 (MQ=255) gAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCCGACACCttg < 1:454587/150‑3 (MQ=255) gTCAACAGGCCGACAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAgg > 1:790927/1‑150 (MQ=255) aCAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCa < 2:792413/150‑1 (MQ=255) gccAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGt < 1:4955/150‑1 (MQ=255) cAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGcc < 1:110064/150‑1 (MQ=255) cAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGcc > 2:110064/1‑150 (MQ=255) cAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGcc > 1:691294/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTgg < 2:616016/150‑1 (MQ=255) gTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTa > 2:557623/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTCGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGcaca < 2:67906/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCgg < 1:557623/150‑1 (MQ=255) tGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCCCATAGGGCggg < 1:323559/150‑1 (MQ=255) gttgttGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACtt < 1:621982/150‑1 (MQ=255) ttgGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAg > 1:256419/1‑150 (MQ=255) tggCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAgccgc < 1:369135/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTCCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCaaa > 1:480024/1‑150 (MQ=255) gTCGAAAATGCTGTAGTCGCTGTGGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACAt > 2:651003/1‑150 (MQ=255) tCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATg > 2:589200/1‑150 (MQ=255) aaaaTGCTGTAGCGGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACAACTGCAGGCTCAGCTGGGTCTCGCCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAg < 1:177336/150‑1 (MQ=255) tAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTg < 1:322195/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGc > 1:721810/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTCGGCa < 2:480024/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGTTGGACTCCATTCGCCAAGTGGCGGACACCTGGATGTTCTTCTGGGTGTGGTCTCTCTGGTAGCTGTAGCTGCCGTCCGCGTTGCGCACATGGGGCTGGTTCGACGACTTGGATCCTCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCAt < 2:256419/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGa > 2:522659/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGa < 1:522659/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAg > 2:267569/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGCGAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTcagc > 2:655623/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCCGGTCCCCCTGATAGCTGAAGATCCCCGCGGAGGGGCAGACAGAGAGCGGATGTGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTcagc > 2:736672/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTcagca > 2:748683/1‑150 (MQ=255) ctgcaGGTGTCCGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGAATTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCg > 2:241376/5‑150 (MQ=255) gtgtCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAacaga > 1:820874/1‑148 (MQ=255) gtCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGa < 1:773207/129‑1 (MQ=255) gtCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGa > 2:773207/1‑129 (MQ=255) gtCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCCCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGtt < 2:94915/150‑1 (MQ=255) tCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTg > 1:556756/1‑150 (MQ=255) tCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTg > 1:130522/1‑150 (MQ=255) | GGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCGCAAGGTGTCGGACACCTGCAGGCTCAGCTGGGTCTGGTCGCCCTGGTAGCTGTAGGTGCCGTCGGCGTTGCGCACATAGGGCGGGGTCGACGACTTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTG > NC_002947/4972942‑4973236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |