Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,152,176 | G→A | 13.4% | intergenic (‑205/+1209) | PP_5696 ← / ← PP_4537 | hypothetical protein/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,152,176 | 0 | G | A | 13.4% | 63.0 / 3.9 | 30 | intergenic (‑205/+1209) | PP_5696/PP_4537 | hypothetical protein/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/11); new base A (2/2); total (17/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 |
TGATAAATGCCGTTCCGGAACTCGGGCATCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGATGCAGGGCCGCCCGCTTCAGTTGCTGCTCG > NC_002947/5152032‑5152325 | tgATAAATGCCGTTCCGGAACTCGGGCATCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGACCAGc > 1:482474/1‑150 (MQ=255) gTTCCGGAACTCGGGCATCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTa < 1:24604/150‑1 (MQ=255) aTCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAgg < 1:13898/150‑1 (MQ=255) aTCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGACCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAgg < 2:482474/150‑1 (MQ=255) cAAGTCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGa < 1:164933/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAg > 1:107870/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAg > 2:613393/1‑150 (MQ=255) gCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTagag > 1:2912/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGAATTTTGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATa > 1:239421/1‑150 (MQ=255) gggCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTGGAGATCCACCATAGGCtt > 2:228032/1‑150 (MQ=255) ttGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGCGATCCACCATAGACTTTAAAAAcaca > 2:689147/1‑150 (MQ=255) tAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTGGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCgg < 1:228032/150‑1 (MQ=255) aaGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGgt < 2:107870/150‑1 (MQ=255) ttCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCg > 2:440232/1‑150 (MQ=255) aTCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGgag > 2:758799/1‑150 (MQ=255) ttGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGa < 1:374670/91‑1 (MQ=255) ttGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGa > 2:374670/1‑91 (MQ=255) ggTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGt > 2:321701/1‑150 (MQ=255) tttAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTgg < 1:321701/150‑1 (MQ=255) gTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCAAGGCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACt > 1:835898/1‑150 (MQ=255) tCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTc > 2:588981/1‑150 (MQ=255) gTACAGGTAACGCCAGTGCAGCCCACTGTGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGa < 2:835898/150‑1 (MQ=255) tACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGAt < 2:2912/150‑1 (MQ=255) ggTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGACCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGACGgtgtgctt > 2:541936/1‑110 (MQ=255) ggTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGACCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGACGgtgtgctt < 1:541936/114‑5 (MQ=255) gTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGca > 2:478460/1‑97 (MQ=255) gTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGca < 1:478460/97‑1 (MQ=255) gTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGATGCAgg < 1:758799/150‑1 (MQ=255) gTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACAACTCGATGCAgg > 1:387342/1‑150 (MQ=255) gCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGATGCAGGGCCGCCCGCTTCAGTtgct > 2:302594/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGATGCAGGGCCGCCCGCTTCAGTTGCTGCTcg > 1:769535/1‑150 (MQ=255) | TGATAAATGCCGTTCCGGAACTCGGGCATCGTGTGTTCAAGGCCGCAAAATGAATCGGCGGGCAAGCCATTGCGCATAAGGAAGAACTTCATCGACTTGGTGTTTAGCTCGGTCGTACAGGTAACGCCAGTGCAGTCCAGCATGGCCAGCTCACGCCCGTACTGATGCTGGGTCAGGTGATTGCTGAGGTAGAGATCCACCATAGGCTTGAAAAGCACACCGTCGGTGTACAAATCGGAGATCGTTGTCTGGGCAACCACTCGATGCAGGGCCGCCCGCTTCAGTTGCTGCTCG > NC_002947/5152032‑5152325 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |