| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,158,798 | C→G | 14.3% | V282V (GTC→GTG) | PP_4542 → | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,158,798 | 0 | C | G | 14.3% | 66.4 / 6.0 | 28 | V282V (GTC→GTG) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/15); new base G (2/2); total (11/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
AACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCAACATGTCGGGCTGGATCATGTGGGTGGTCAACGGCATCTTCGA > NC_002947/5158651‑5158935 | aaCGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCGCAACA‑TCTGATAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGc < 1:53365/150‑1 (MQ=255) cGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGCCTTTAGCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTCGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGcca < 1:692342/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTc > 2:586754/1‑145 (MQ=255) gCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTc < 1:586754/145‑1 (MQ=255) gCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGcc > 1:75190/1‑150 (MQ=255) ccATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCct > 2:46636/1‑150 (MQ=255) cGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCctgtggct < 1:589236/150‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGc < 2:844828/150‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGc < 1:46636/150‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGc > 1:121309/1‑150 (MQ=255) aaCAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTGGCgaccac < 1:823287/124‑1 (MQ=255) aaCAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTGGCgaccac > 2:823287/1‑124 (MQ=255) gcagTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATc < 2:382745/150‑1 (MQ=255) gcgTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGc < 1:286169/115‑1 (MQ=255) gcgTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACAACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGc > 2:286169/1‑115 (MQ=255) gCAATCCGCG‑AGCAGACAGAGAAAACACACCTAACCACACGGGAAGTAAGGAGCATGGAGGCGGTGACGACGACCTTCAATTGCCTGCTGGTTGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGt > 2:737347/1‑150 (MQ=255) aaTCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGc < 1:710859/150‑1 (MQ=255) gCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCt < 2:222611/150‑1 (MQ=255) ggTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCaa < 1:664826/150‑1 (MQ=255) ccAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCg < 2:65522/86‑1 (MQ=255) ccAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCg > 1:65522/1‑86 (MQ=255) accCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGc > 1:26313/1‑99 (MQ=255) accCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGc < 2:26313/99‑1 (MQ=255) cTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCGACATGTCGGGCTGGAGCATGTGGGTGGTCAACGGc > 2:781395/1‑150 (MQ=255) tCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCaa > 2:725090/1‑115 (MQ=255) tCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCaa < 1:725090/115‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCAACATGTCGGGCTGTATCATGTGGGTGGTCAACGGCATCTTc < 2:257681/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCAACATGTCGGGCTGGATCATGTGGGTGGTCAACGGCATCTTCga < 1:737347/150‑1 (MQ=255) cggtggtGGCGACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGAt > 2:490495/2‑91 (MQ=255) cggtggtGGCGACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGAt < 1:490495/90‑1 (MQ=255) | AACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTACGAACAGCAGTATGCGCGTGAGGCAATCCGCG‑AGCAGACCGAGAAAACCCAGCTGGCCTCCCGGGTGATCACCAGCATGGACGTGGTCATCACCACCCTCAATGGCCTGCTGGTGGTCGCCACCACCGGCCTTGCCCTGTGGCTGTGGAGCCAATCGCTGATCACCGTGGGTGCCATCGCCCTGGCCACTGGCCTGGTGATCCGCATCGTCAACATGTCGGGCTGGATCATGTGGGTGGTCAACGGCATCTTCGA > NC_002947/5158651‑5158935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |