Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,417,437 | A→G | 17.9% | S99P (TCG→CCG) | gudD ← | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,417,437 | 0 | A | G | 17.9% | 56.5 / 7.0 | 28 | S99P (TCG→CCG) | gudD | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/13); new base G (2/3); total (12/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-01 |
CGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCGGCGC > NC_002947/5417296‑5417586 | cgcgTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGt < 2:545691/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGAGGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTTTGCAGGCCGCGACTCGGCGGGTCGCggc < 1:228241/150‑2 (MQ=255) gCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGt > 1:739552/1‑150 (MQ=255) ccTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACTCGGCGGGTCGCggc > 2:222312/1‑137 (MQ=255) ccTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACTCGGCGGGTCGCggc < 1:222312/138‑2 (MQ=255) cAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGc > 1:600323/1‑150 (MQ=255) cAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCCAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGc < 2:527313/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATg < 1:820126/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGc < 1:133707/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTg < 2:409414/150‑1 (MQ=255) gCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGc < 1:420153/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGa > 1:454001/1‑150 (MQ=255) aGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGATCACGCGCTGGTAATgg > 1:549893/1‑129 (MQ=255) aGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGATCACGCGCTGGTAATgg < 2:549893/129‑1 (MQ=255) gccTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGCCCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCgg < 2:352777/148‑1 (MQ=255) gACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCgg < 2:454001/150‑1 (MQ=255) gTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAgg < 1:678208/150‑1 (MQ=255) cATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGc > 2:166093/1‑150 (MQ=255) gTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGaa > 2:467812/1‑150 (MQ=255) ggTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGTCGCATCGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAAtctt > 2:761484/1‑150 (MQ=255) gTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAAtcttct < 2:158325/140‑1 (MQ=255) gTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAAtcttct > 1:158325/1‑140 (MQ=255) cAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAg > 2:572080/1‑150 (MQ=255) gCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc > 1:306916/1‑150 (MQ=255) cgcgACTCGGCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAAtcttct > 2:35329/1‑123 (MQ=255) cgcgACTCGGCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAAtcttct < 1:35329/123‑1 (MQ=255) cgcgACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCgg < 2:600323/150‑1 (MQ=255) cgACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTa < 1:166093/150‑1 (MQ=255) aGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCGgcgc < 2:306916/150‑1 (MQ=255) | CGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCGCCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCCGGCGC > NC_002947/5417296‑5417586 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |