| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,436,114 | A→C | 9.8% | E82A (GAG→GCG) ‡ | fieF → | divalent cation efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,436,114 | 0 | A | C | 9.8% | 125.4 / 7.9 | 51 | E82A (GAG→GCG) ‡ | fieF | divalent cation efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/22); new base C (3/2); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
GGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCT > NC_002947/5435970‑5436258 | ggtggCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCt > 1:191040/1‑150 (MQ=255) gtggCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCtt > 2:391748/1‑150 (MQ=255) gCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGc > 2:273310/1‑150 (MQ=255) tGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCg > 1:76188/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGgc < 2:605123/150‑1 (MQ=255) ggTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCTCGGCCTTgc > 2:581264/1‑136 (MQ=255) ggTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCTCGGCCTTgc < 1:581264/137‑2 (MQ=255) gctgGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAg < 1:236799/121‑1 (MQ=255) gctgGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAg > 2:236799/1‑121 (MQ=255) gCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGGTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATc > 1:263569/1‑150 (MQ=255) cTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGt > 1:242481/1‑150 (MQ=255) cGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGc < 2:741757/150‑1 (MQ=255) ggCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTgg < 2:609596/138‑1 (MQ=255) ggCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTgg > 1:609596/1‑138 (MQ=255) ggCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCt > 1:1133/1‑150 (MQ=255) aCTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCAGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGAt < 1:834539/150‑1 (MQ=255) gACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGATGATGCTCggg < 2:213792/150‑1 (MQ=255) gTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGa < 1:184875/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGGGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTc > 2:52293/1‑150 (MQ=255) tCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGCCCCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCGGAGCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTc > 1:650027/1‑150 (MQ=255) tgctgGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTaca > 2:784644/1‑150 (MQ=255) tgGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACAccc < 1:391748/150‑1 (MQ=255) ggTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTg < 1:436373/139‑1 (MQ=255) ggTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTg > 2:436373/1‑139 (MQ=255) aCTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCAt > 1:405016/1‑88 (MQ=255) aCTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCAt < 2:405016/88‑1 (MQ=255) cTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGCTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCt > 2:25730/1‑150 (MQ=255) cccTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTg < 1:289325/150‑1 (MQ=255) tGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATa > 1:64772/1‑150 (MQ=255) cgacgaTCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTAt > 1:30717/1‑150 (MQ=255) gaTCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGCTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATcgcg < 2:74161/150‑1 (MQ=255) aCCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGt > 2:808873/1‑148 (MQ=255) aCCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGt < 1:808873/148‑1 (MQ=255) cGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGAtg < 2:64772/150‑1 (MQ=255) tCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGTTTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCGCCATCGGTATCGCGGTGAtgctgc < 2:76188/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCggg > 2:838655/1‑74 (MQ=255) gCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCggg < 1:838655/74‑1 (MQ=255) aTGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACAcccc > 1:754204/1‑100 (MQ=255) aTGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACAcccc < 2:754204/100‑1 (MQ=255) ggCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTg > 2:770230/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTg < 1:273310/150‑1 (MQ=255) gccAAGGCCTCGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATa > 2:273114/3‑115 (MQ=255) gccAAGGCCTCGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATa < 1:273114/113‑1 (MQ=255) gccAAGGCCTCGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTg > 1:373628/3‑150 (MQ=255) gCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCgg > 2:716916/1‑67 (MQ=255) gCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCgg < 1:716916/67‑1 (MQ=255) aaGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTg > 2:531411/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTg < 2:30717/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGCGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTg > 2:845402/1‑150 (MQ=255) aGGCCGACGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGc < 2:191040/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTTGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCt < 2:1133/150‑1 (MQ=255) | GGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCT > NC_002947/5435970‑5436258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |