| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,600,250 | T→G | 16.7% | N1095H (AAC→CAC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,600,250 | 0 | T | G | 16.7% | 47.5 / 6.3 | 24 | N1095H (AAC→CAC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/14); new base G (2/2); total (8/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
GAGCCTGGATTGGAAAAGGGTGCCGTGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTAAGTCCGAAGTCCGTTTTGAAA > NC_002947/5600111‑5600386 | gAGCCTGGATTGGAAAAGGGTGCCGTGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCagag > 2:36307/1‑150 (MQ=255) gCCTGGATTGGAAAAGGGTGCCGTGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGc < 2:823490/150‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGTGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGc < 1:215285/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCccac < 2:675556/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCccac > 1:572280/1‑150 (MQ=255) gagaGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTggcg < 1:36307/150‑1 (MQ=255) tCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGc < 1:529503/118‑1 (MQ=255) tCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGc > 2:529503/1‑118 (MQ=255) ttGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGc < 1:290650/150‑1 (MQ=255) ggagtggcgGTTGTTGTTGGGCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATc < 2:85380/147‑1 (MQ=255) gttgttgGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTCCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTc < 2:572280/150‑1 (MQ=255) ttgttgGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCt < 1:4645/150‑1 (MQ=255) ttgGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGa < 2:80231/150‑1 (MQ=255) aGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCt > 2:382434/1‑104 (MQ=255) aGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCt < 1:382434/104‑1 (MQ=255) ttACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTCGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTaa < 1:545438/139‑1 (MQ=255) ttACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTCGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTaa > 2:545438/1‑139 (MQ=255) cGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTaa < 1:70342/135‑1 (MQ=255) cGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTaa > 2:70342/1‑135 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTAAGTCCGAAGTCCGTTTTGaaa < 2:27585/150‑1 (MQ=255) gcctcTGGTGGCAACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCt > 1:742497/5‑113 (MQ=255) gcctcTGGTGGCAACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCt < 2:742497/109‑1 (MQ=255) ctcTGGTGGCAACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTa > 1:646977/3‑123 (MQ=255) ctcTGGTGGCAACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTa < 2:646977/121‑1 (MQ=255) | GAGCCTGGATTGGAAAAGGGTGCCGTGGCAGCTTGCAGTACCGAGAGGTCTGCCTTTGCGTTGATGGCCGCCACTTCAATGGCGTGGCGGTTGTTGTTGGTCAGCGAGCCCTGTGCATTACCGCCTTTATGGCGCTGGTTGCCACCAGAGGCGACGACGATGGTGCCTAGCCCACCACGGCCGTTGGTGGCGGCAAGCGTAGTGCTGAATGCCAGCGCCAGAGCAGTATCGACTTTTCCTTCTGGAACATTTGTAAGTCCGAAGTCCGTTTTGAAA > NC_002947/5600111‑5600386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |