Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 489,292 | T→A | 15.2% | Q110L (CAG→CTG) | surA ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 489,292 | 0 | T | A | 15.2% | 81.1 / 8.5 | 33 | Q110L (CAG→CTG) | surA | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/16); new base A (3/2); total (15/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 |
ACCTGAATGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTCGGCGGCACGCCGCCGCCGCGC > NC_002947/489151‑489441 | acCTGAATGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCGGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATg < 1:546433/150‑1 (MQ=255) cTGAATGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGTCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGt > 1:177351/1‑150 (MQ=255) cTGAATGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGt > 1:158741/1‑150 (MQ=255) aaTGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGcc > 1:182706/1‑150 (MQ=255) gcgcTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAAt < 2:158741/150‑1 (MQ=255) cgcgGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGa < 2:182706/150‑1 (MQ=255) cgGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATg < 1:243415/150‑1 (MQ=255) ggCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCCCAGCGCAATggcat > 2:453016/1‑114 (MQ=255) ggCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCCCAGCGCAATggcat < 1:453016/117‑4 (MQ=255) atgatCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATg < 2:448366/117‑1 (MQ=255) atgatCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATg > 1:448366/1‑117 (MQ=255) tgatCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATAc < 2:321227/150‑1 (MQ=255) tcGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAgcgc < 1:835349/150‑1 (MQ=255) tcGCGCTTGACCTGCCCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAgcgc < 1:515959/150‑1 (MQ=255) cgAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTcga < 2:496903/150‑1 (MQ=255) gACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATc > 2:803257/1‑150 (MQ=255) cgcgGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCa < 1:803257/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAg < 1:241849/125‑1 (MQ=255) tCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAg > 2:241849/1‑125 (MQ=255) tCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTc > 1:837478/1‑150 (MQ=255) cAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCa < 1:580970/73‑1 (MQ=255) cAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCa > 2:580970/1‑73 (MQ=255) cAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTcgg > 2:473210/1‑150 (MQ=255) cAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGACTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATAACAGAGCGCTCGCCGATCTTCAACTGCAGGGTATCGACGATCAGGCGTTACAGGACCTGCTGTTCCAGGGTGCTGGTagg > 2:204354/1‑150 (MQ=255) aGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCaga > 1:269178/1‑74 (MQ=255) aGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCaga < 2:269178/74‑1 (MQ=255) gCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTcggcg < 2:446698/150‑1 (MQ=255) cgctaTGGCATTGCGCTGGGCTATGGTGCAAATCGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGACCGCTCGCCGAACTGCAGCTGCAGGTTCTCGACCATCAGGCGTTCCCGGACCTGCTGTTCCAGGGCCCTGGTcggcgg < 2:29014/146‑1 (MQ=255) accATTGCCCAGCGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTcggcg > 1:89874/2‑143 (MQ=255) accATTGCCCAGCGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTcggcg < 2:89874/142‑1 (MQ=255) accATTGCCCAGCGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTCGGCGGCAcgcc > 2:570389/2‑150 (MQ=255) ttGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAgc > 1:112149/1‑64 (MQ=255) ttGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAgc < 2:112149/64‑1 (MQ=255) tGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTCGGCGGCACGCCGCCGCCgcgc > 2:850862/1‑150 (MQ=255) | ACCTGAATGCGCTCGGCAACGCGGCGTTGGCGCACGCGGCTGATGATCATCTCGCGCTTGACCTGCTCGCGAGCGTCGTCGAACGACAGGCCGTCACGGGCCAGCGCCGCGCGGAACTGGTCCAGCGACATGCCATTGCGCTGGGCAATGGTGCCAATGGCCTGGTTCAGCTCTTCGTCGGTGATGCGGATACCAGAGCGCTCGCCGATCTGCAGCTGCAGGTTCTCGACGATCAGGCGTTCCAGGACCTGCTGTTCCAGGGCGCTGGTCGGCGGCACGCCGCCGCCGCGC > NC_002947/489151‑489441 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |