| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,669,693 | T→A | 12.5% | V40D (GTC→GAC) | metF → | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,669,693 | 0 | T | A | 12.5% | 104.6 / 8.4 | 40 | V40D (GTC→GAC) | metF | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/18); new base A (2/3); total (19/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
CCGGCCATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGATACCTGCCGCGCCGCACCTGTCGTGCG > NC_002947/5669549‑5669836 | ccGGCCATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTcgccc < 2:54912/150‑1 (MQ=255) cATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGGCGGGCGAcgcccatcag < 1:76151/150‑6 (MQ=255) cATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGGCGGGCGAcgcccatcag > 2:76151/1‑145 (MQ=255) cATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGGCGGGCGAcgcccatcag < 2:661814/150‑6 (MQ=255) tCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCt < 2:513301/150‑1 (MQ=255) aCCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTgg > 1:782241/1‑150 (MQ=255) ccGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGc < 1:537458/150‑1 (MQ=255) gCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCtata > 1:100925/1‑150 (MQ=255) cgccAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTg > 2:814476/1‑150 (MQ=255) aCGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTa > 1:422543/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACg > 2:782364/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACg > 2:455402/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTGCCAGAGGAACACTTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACg < 1:683394/150‑1 (MQ=255) ttgCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGGCGGGCGAcgcccatca > 2:607709/1‑100 (MQ=255) ttgCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGGCGGGCGAcgcccatca < 1:607709/104‑5 (MQ=255) cAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTg > 1:786701/1‑150 (MQ=255) cAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACCAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCTGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTg > 2:289529/1‑150 (MQ=255) agagGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTgg < 1:191053/150‑1 (MQ=255) gagGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGAACGATCCCGGTCACGTAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTggg < 1:103553/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGAc < 2:786701/150‑1 (MQ=255) cTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTACCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCcgc < 1:696893/150‑1 (MQ=255) acaAGAACGCCGCTGCAGTTTCGAGTTTTTCCGGACCAAGAGCGAAGCCTGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTGGACCGCGAGCTGGCCACCTATAAGACGGACTTCTTCGTCGGAACCTATGTGGCTGGTGGGTGGACCAGTGAcaggag > 2:339445/1‑145 (MQ=255) acaAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCAc > 1:156010/1‑150 (MQ=255) gAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGc < 1:780908/122‑1 (MQ=255) gAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGc > 2:780908/1‑122 (MQ=255) cTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGt < 1:782364/150‑1 (MQ=255) cTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGt > 2:647245/1‑150 (MQ=255) gTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGc > 2:276810/1‑102 (MQ=255) gTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGc < 1:276810/102‑1 (MQ=255) tcttcCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGaaa < 2:782241/150‑1 (MQ=255) tcttcCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACAGCACGCTCCATACCGTTCTGCAGCTGGaaa < 2:100925/150‑1 (MQ=255) ccGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTGTTCTCCTGCACCTACGGAGCCGGTGGCAGGAGTCGGGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAACGCGaa > 1:828645/1‑150 (MQ=255) aGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGa < 1:455402/150‑1 (MQ=255) gACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCt > 2:590013/1‑74 (MQ=255) gACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCt < 1:590013/74‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGATACCTg < 1:289529/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGATACCTg < 2:422543/150‑1 (MQ=255) aCGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGtg < 1:360138/110‑1 (MQ=255) aCGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGtg > 2:360138/1‑110 (MQ=255) tGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGATACCTGCCGCGCCGCACCTGTcgtgcg > 2:763721/1‑150 (MQ=255) | CCGGCCATCACCGATCTGGCTTTTACTTGCAGCTTGCCGCCAGACGCTTGTTGCCAGAGGAACGCCTGATGTCACAAGAACGCCGCTACAGTTTCGAGTTCTTCCCGACCAAGACCGATGCCGGTCACGAAAAGCTGATGGGCGTCGCCCGCCAGCTGGCCACCTATAACCCGGACTTCTTCTCCTGCACCTACGGTGCCGGTGGGTCGACCCGCGACCGCACGCTCAATACCGTGCTGCAGCTGGAAAGCGAAGTGAAGATACCTGCCGCGCCGCACCTGTCGTGCG > NC_002947/5669549‑5669836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |