Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,750,455 | A→G | 19.2% | H388H (CAT→CAC) | thiI ← | tRNA sulfurtransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,750,455 | 0 | A | G | 19.2% | 50.2 / 6.9 | 26 | H388H (CAT→CAC) | thiI | tRNA sulfurtransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/10); new base G (3/2); total (14/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
TAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTG > NC_002947/5750306‑5750602 | tAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATcaca < 1:577814/150‑1 (MQ=255) aaCGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGa < 1:415811/150‑1 (MQ=255) cGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATc < 2:321423/150‑1 (MQ=255) gCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGa > 1:126143/1‑150 (MQ=255) gCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCATGTGATCGAt < 2:361382/146‑1 (MQ=255) gCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCATGTGATCGAt > 1:361382/1‑146 (MQ=255) cTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAAt < 1:169151/150‑1 (MQ=255) cGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTgg < 1:211932/150‑1 (MQ=255) gATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGgc > 2:379624/1‑150 (MQ=255) cACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAgc < 2:126143/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTTCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTAAAGCGAGCGCTACAACACGGCCATGTCGaa > 2:198649/1‑150 (MQ=255) gggTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCAACTTGCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGc > 2:500574/1‑150 (MQ=255) aaTGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTttcttc < 1:138495/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCa > 1:304504/1‑150 (MQ=255) cTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGCAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGt > 2:216224/1‑150 (MQ=255) cTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGTTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGt < 1:379624/150‑1 (MQ=255) cTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTa < 1:728998/149‑1 (MQ=255) cTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTa > 2:728998/1‑149 (MQ=255) cTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTAc > 1:111444/1‑150 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGc > 2:794813/1‑111 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGAACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGc < 1:794813/111‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCaa < 2:637410/52‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCaa > 1:637410/1‑52 (MQ=255) aGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTGTTcc > 1:11888/1‑150 (MQ=255) ccATCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTAAATGCGGCAAGGCCAGGCTGAGATGGCCGGGTTTACCGTGATCAGGGCGCAGTGTTcaccc > 2:8313/2‑146 (MQ=255) aTCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCgg > 2:566717/1‑117 (MQ=255) aTCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCgg < 1:566717/117‑1 (MQ=255) acaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTg > 2:234176/1‑150 (MQ=255) | TAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTG > NC_002947/5750306‑5750602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |