Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,824,905 | A→C | 7.8% | Y208* (TAT→TAG) | trmB ← | tRNA (guanosine(46)‑N7)‑methyltransferase TrmB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,824,905 | 0 | A | C | 7.8% | 139.7 / 4.8 | 51 | Y208* (TAT→TAG) | trmB | tRNA (guanosine(46)‑N7)‑methyltransferase TrmB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/21); new base C (2/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 |
AACCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTG > NC_002947/5824759‑5825054 | aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg > 1:209074/1‑150 (MQ=255) aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg < 2:209074/150‑1 (MQ=255) aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg < 1:373813/150‑1 (MQ=255) aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg > 2:373813/1‑150 (MQ=255) aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACATTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg > 2:756207/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGc > 1:96295/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGc > 2:139280/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGc > 2:678110/1‑150 (MQ=255) aGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCg < 1:79160/150‑1 (MQ=255) aaaGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGACCCCCCACCAGTGCCCCGCCGGCGCCCGTCTGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGcc < 1:101638/150‑1 (MQ=255) gCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGa > 2:698556/1‑150 (MQ=255) cGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGc > 2:491852/1‑150 (MQ=255) aTCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTgc < 1:139280/150‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCa < 1:426770/141‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCa > 2:426770/1‑141 (MQ=255) tCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTgcg > 2:538814/1‑150 (MQ=255) cTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCtcatca > 1:835666/1‑150 (MQ=255) tCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGcc < 2:274577/104‑1 (MQ=255) tCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGcc > 1:274577/1‑104 (MQ=255) cACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAg > 2:304843/1‑150 (MQ=255) ccTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCa < 2:199919/150‑1 (MQ=255) ctcGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTa > 2:108882/1‑150 (MQ=255) cTTCAAGTCCCACACCCAGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGc > 2:716154/1‑150 (MQ=255) ttCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGCGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCa > 1:173696/1‑150 (MQ=255) tCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCAt < 2:71012/150‑1 (MQ=255) gTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACgg < 1:113369/150‑1 (MQ=255) gTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACgg < 1:756207/150‑1 (MQ=255) acacCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTccc < 2:96295/150‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCCGGACATAGGTGCCGTCTGCCGCATGGTTGCCATAGCCAGTAGCTGCGGTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTg < 1:226691/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCAt > 1:472715/1‑150 (MQ=255) cGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTgg < 1:698556/150‑1 (MQ=255) aCCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGtt < 1:321584/72‑1 (MQ=255) aCCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGtt > 2:321584/1‑72 (MQ=255) ttGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCa > 1:67309/1‑91 (MQ=255) ttGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCa < 2:67309/91‑1 (MQ=255) ttGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGc > 1:377610/1‑150 (MQ=255) ttGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGc > 1:469086/1‑150 (MQ=255) tCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGAc < 2:51482/150‑1 (MQ=255) ggCGCTCTTCGGGGCGCGGCAGATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTa > 1:210717/1‑150 (MQ=255) ctctTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATGGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAg < 1:678110/150‑1 (MQ=255) tctTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGc > 2:422725/1‑150 (MQ=255) ttCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGc < 2:287001/137‑1 (MQ=255) ttCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGc > 1:287001/1‑137 (MQ=255) ggggCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGc < 1:496959/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTAc < 1:650458/139‑1 (MQ=255) ggCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTAc > 2:650458/1‑139 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGaa > 2:194974/4‑150 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGaa < 1:194974/147‑1 (MQ=255) cgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa < 1:799154/122‑1 (MQ=255) cgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa > 2:799154/1‑122 (MQ=255) gCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCCCTGCCGGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGCCGTACCAGCTCGGCGAACTCCa > 2:502974/1‑150 (MQ=255) acaTAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGc > 2:92564/1‑150 (MQ=255) acaTAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGCCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGc < 1:690561/150‑1 (MQ=255) aTAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTg < 1:716154/150‑1 (MQ=255) | AACCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTG > NC_002947/5824759‑5825054 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |