| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,890,184 | T→C | 9.5% | Y595H (TAT→CAT) | PP_5164 → | penicillin amidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,890,184 | 0 | T | C | 9.5% | 117.1 / 3.1 | 42 | Y595H (TAT→CAT) | PP_5164 | penicillin amidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/19); new base C (2/2); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
TGGCACCGCTGCTAGCGACGTTGCGTCAGATCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAGCGCACTGACCGCAG > NC_002947/5890038‑5890332 | tGGCACCGCTGCTAGCGACGTTGCGTCAGATCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATg < 2:146617/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGCTAGCGACGTTGCGTCAGATCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCcg‑c > 2:838544/1‑150 (MQ=255) gTCAGATCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCg < 1:441943/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCCATGCCG‑CGTTGCATGAc > 2:657582/1‑135 (MQ=255) aTCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCCATGCCG‑CGTTGCATGAc < 1:657582/135‑1 (MQ=255) cGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGAGCGATATCta > 1:441473/1‑149 (MQ=255) cccAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGt < 1:784268/150‑1 (MQ=255) cccAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACAAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGt > 2:422039/1‑150 (MQ=255) ccAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGtt < 2:18051/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTc > 2:196175/1‑150 (MQ=255) tGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGt > 2:337036/1‑150 (MQ=255) gaagaggaaCTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGAt > 2:374258/1‑149 (MQ=255) gaagaggaaCTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGAt < 1:374258/149‑1 (MQ=255) gaaCTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCAcc > 2:837246/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGAt < 1:254431/136‑1 (MQ=255) tCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGAt > 2:254431/1‑136 (MQ=255) agcTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCAccgggaa < 1:565028/142‑6 (MQ=255) agcTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCAccgggaa > 2:565028/1‑137 (MQ=255) tgCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGAtgctgc > 2:346416/1‑147 (MQ=255) tgCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGAtgctgc < 1:346416/147‑1 (MQ=255) gcggcgACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGcc < 2:272493/150‑1 (MQ=255) cggcgACTATCCACTGGACTCAACCGGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCAG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGGGCTGCCGCGCCt < 1:116820/150‑1 (MQ=255) ggcgAATATCCTCTGAACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCACTGCCGGC‑GCCTTGCGCAGCCGCTGCGGAACGAATTGTGCGATAACAGGTTCCCGGTGATGTTCAGCGGCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTg < 1:196175/150‑1 (MQ=255) gcgACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTgg > 2:540117/1‑150 (MQ=255) cTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCgcgc > 2:429110/1‑142 (MQ=255) cTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCgcgc < 1:429110/142‑1 (MQ=255) cACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATg > 2:801839/1‑150 (MQ=255) aCTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGc < 1:797147/150‑1 (MQ=255) aCTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGt < 1:540117/150‑1 (MQ=255) cACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCATGGACGCCGGTGCCGAGTCGCCCTGGTGGaa > 2:623438/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAacac > 1:159582/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCgcggc > 2:443661/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGgcgc > 1:591494/1‑150 (MQ=255) gTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCtggt > 2:423693/1‑131 (MQ=255) gTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCtggt < 1:423693/131‑1 (MQ=255) ctctACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTCGCGGAACAGCAGCAGCGCCaccaag > 2:819964/1‑145 (MQ=255) tctACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAgc < 1:838544/150‑1 (MQ=255) tACGAGCTGGCCCATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCtggtg < 1:759816/125‑1 (MQ=255) tACGAGCTGGCCCATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCtggtg > 2:759816/1‑125 (MQ=255) gCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCCCCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCAGACCATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAGCGCACTGa < 1:662473/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAGCGCACTGAc < 2:343888/150‑1 (MQ=255) cTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAGCGCACTGACCGCAg < 1:837246/150‑1 (MQ=255) tATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCcgc < 2:452383/123‑1 (MQ=255) tATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCcgc > 1:452383/1‑123 (MQ=255) | TGGCACCGCTGCTAGCGACGTTGCGTCAGATCGCCCAGGGTGACGAGGAAGAGGAACTGGTCGAGCAGCTGGCTGCCTGGCGCGGCGACTATCCACTGGACTCAACCAGCGCCACGCTGTTCAACCAGTTCCTCTACGAGCTGGCCTATGCCG‑CGTTGCATGACGAATTGGGCGATATCTGGTTCCCGGTGCTGATCAGCACCCGTGCCATCGATGCTGCGCTGCCGCGCCTGGCCGCCGATGCCGAGTCGCCCTGGTGGAACACCCGCGGCGCCAACCAGCGCACTGACCGCAG > NC_002947/5890038‑5890332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |