Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,891,328 | G→T | 12.9% | L116M (CTG→ATG) | plpB ← | NLPA lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,891,328 | 0 | G | T | 12.9% | 81.8 / 2.6 | 31 | L116M (CTG→ATG) | plpB | NLPA lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/12); new base T (2/2); total (17/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
TTCTCGGCGATATCCTTGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGC > NC_002947/5891180‑5891476 | ttCTCGGCGATATCCTTGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCTTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAgg < 1:177505/150‑1 (MQ=255) tcGGCGATATCCTTGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGcc > 2:52687/1‑150 (MQ=255) cGATATCCTTGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCTGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGCGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGa < 1:108413/150‑1 (MQ=255) ccTTGGGGGTCGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCATCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACcttct < 1:231879/150‑1 (MQ=255) ttGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGTCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCttcttc < 1:569895/150‑1 (MQ=255) ttGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCttcttc < 1:785866/150‑1 (MQ=255) cAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCAcc > 1:812398/1‑150 (MQ=255) aTTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAggg < 1:326577/150‑1 (MQ=255) cGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTAc < 2:812398/150‑1 (MQ=255) cagcagcagcGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCtt > 2:152425/1‑150 (MQ=255) tgcgctgctgctgctGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGaa < 1:189503/144‑1 (MQ=255) gctgcCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCAc < 1:300554/77‑1 (MQ=255) gctgcCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCAc > 2:300554/1‑77 (MQ=255) ctgcCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCTACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTAc > 2:780968/1‑150 (MQ=255) cTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTAGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAg > 2:1208/1‑150 (MQ=255) gTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCATGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAggtgg > 1:701354/1‑109 (MQ=255) gTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCATGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAggtgg > 1:701302/1‑109 (MQ=255) gTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCATGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAggtgg < 2:701354/109‑1 (MQ=255) gTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCATGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAggtgg < 2:701302/109‑1 (MQ=255) gggATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTAcaccc > 1:736899/1‑87 (MQ=255) gggATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCGCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTAcaccc < 2:736899/87‑1 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGtt > 1:439889/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGtt > 2:236001/1‑150 (MQ=255) cgcCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTCCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCa > 1:315863/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCa > 2:334193/1‑148 (MQ=255) ccTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCa < 1:334193/148‑1 (MQ=255) cttcttTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGGAGTTGGTGTCCAGAc > 2:196663/1‑150 (MQ=255) ttcttTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACg > 1:698105/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTg < 2:698105/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTgg < 2:112933/150‑1 (MQ=255) tcAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCt > 2:131066/1‑150 (MQ=255) aGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAATGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGc > 1:840816/1‑150 (MQ=255) | TTCTCGGCGATATCCTTGGGGGTGGCCAGGGCATTCTTCGGGTCTTTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCAGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGC > NC_002947/5891180‑5891476 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |