| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 512,322 | C→A | 10.5% | I104I (ATC→ATA) | PP_0423 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 512,322 | 0 | C | A | 10.5% | 112.5 / 2.9 | 38 | I104I (ATC→ATA) | PP_0423 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/22); new base A (2/2); total (14/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CGCCTGCGCGGAATTGGCTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGCGTCAGTCGGGGAAATCGACGGGGCCTTCTGCGATGGCCGCTACAACGTCAACCTCAATGGCCGCAAATTGGTGG > NC_002947/512181‑512461 | cGCCTGCGCGGAATTGGCTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGc < 2:687380/150‑1 (MQ=255) tGCGCGGAATTGGCTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCGCCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTAc < 2:632563/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCt < 2:3149/150‑1 (MQ=255) cTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGAGCACGGCCCTGGCGAAAAGGCCTACGAGCGCCTGTGTc < 2:100693/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGc < 2:140016/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGcc > 2:728587/1‑150 (MQ=255) gcCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGa < 1:549122/150‑1 (MQ=255) cGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAg > 2:738374/1‑150 (MQ=255) gagaAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGt < 2:611354/150‑1 (MQ=255) gaAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTgg < 1:66736/150‑1 (MQ=255) cggcggCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGggcgg > 2:229904/1‑150 (MQ=255) cgAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGc < 1:738374/150‑1 (MQ=255) cgAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGc < 1:768207/150‑1 (MQ=255) gAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGCg > 2:393385/1‑150 (MQ=255) 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aCGGCCGTATAGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGc < 2:505484/76‑1 (MQ=255) aCGGCCGTATAGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGc > 1:505484/1‑76 (MQ=255) aCGGCCGTATAGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGc > 1:505338/1‑76 (MQ=255) ggCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGCGTCAGTCGGGGAAATCGACGGGGCCTTCTGCGATGGCCGCTACAACGTCaa > 2:257410/1‑125 (MQ=255) ggCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGCGTCAGTCGGGGAAATCGACGGGGCCTTCTGCGATGGCCGCTACAACGTCaa < 1:257410/125‑1 (MQ=255) | CGCCTGCGCGGAATTGGCTATTGCTGGCTGGCCGGTGCTGCTGCGAGAAACCGGCGGCGAACCGGTGCCTCAGTCGCATTCGACGGTGAACGTTGCACTGGTCTACGCCGCACCGCGCAGTGAAGGCGACCACGGCCGTATCGAAAATGCCTACGAGCGCCTGTGTCTGCCGCTGTGTGATGTGCTGCGCGAGTGGGGCGGCGTAGCGTCAGTCGGGGAAATCGACGGGGCCTTCTGCGATGGCCGCTACAACGTCAACCTCAATGGCCGCAAATTGGTGG > NC_002947/512181‑512461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |