| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,051,726 | T→G | 9.7% | intergenic (+19/‑38) | ridA → / → PP_5304 | aminoacrylate/iminopropionate hydrolase/deaminase/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,051,726 | 0 | T | G | 9.7% | 100.8 / 2.8 | 38 | intergenic (+19/‑38) | ridA/PP_5304 | aminoacrylate/iminopropionate hydrolase/deaminase/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/16); new base G (2/2); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCA > NC_002947/6051583‑6051869 | ccAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGt > 1:432646/1‑150 (MQ=255) cAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTc > 2:187365/1‑150 (MQ=255) aaCGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACcctcc < 1:386988/150‑1 (MQ=255) gAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCtccttc < 1:313786/150‑1 (MQ=255) gAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCtccttc < 1:313833/150‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGc > 1:75306/1‑150 (MQ=255) gAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCa > 1:254907/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCCAATGATGCCCTGGTGACGGGCTCTGCGCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGc < 1:345345/150‑1 (MQ=255) cccTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTc > 2:44220/1‑150 (MQ=255) cTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCaa < 1:44220/150‑1 (MQ=255) cTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCaa > 2:292799/1‑150 (MQ=255) cTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCaa > 1:328121/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCAc > 2:18690/1‑150 (MQ=255) cGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACt < 1:430792/150‑1 (MQ=255) gccgccATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTcg > 1:487911/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAg > 2:390700/1‑150 (MQ=255) gCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTTATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAccaggg < 2:235120/90‑5 (MQ=37) gCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTTATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAccaggg > 1:235120/1‑86 (MQ=37) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTggg < 2:487911/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTggg < 1:292799/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTggg > 2:150094/1‑150 (MQ=255) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAccagg > 1:422803/1‑79 (MQ=37) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAccagg < 2:422803/82‑4 (MQ=37) cGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggcgg < 2:432646/150‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCAc < 1:463369/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGc < 1:187365/150‑1 (MQ=255) gTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCAccag < 2:104152/64‑3 (MQ=255) gTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCAccag > 1:104152/1‑62 (MQ=255) tCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTg < 2:726222/103‑1 (MQ=255) tCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTg > 1:726222/1‑103 (MQ=255) ccATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAttt > 2:241339/1‑150 (MQ=255) gatgCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCaa > 2:147809/1‑150 (MQ=255) tgCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCGTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCGCTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAAcc > 1:538828/1‑150 (MQ=255) gCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCa < 1:241339/150‑1 (MQ=255) tGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggc > 1:684621/1‑96 (MQ=255) tGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggc < 2:684621/96‑1 (MQ=255) aCGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCAt < 2:254907/150‑1 (MQ=255) aggCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCa > 2:111263/2‑150 (MQ=255) | CCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCA > NC_002947/6051583‑6051869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |