Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,071,939 | C→G | 12.5% | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,071,939 | 0 | C | G | 12.5% | 112.5 / 8.8 | 40 | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/14); new base G (3/2); total (24/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 |
AACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGTC > NC_002947/6071790‑6072088 | aaCAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTc < 2:288455/150‑1 (MQ=255) gACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCaa > 1:724436/1‑126 (MQ=255) gACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCaa < 2:724436/126‑1 (MQ=255) aCCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGAAAGGAGTTTTTCTT‑GATTTCAATTCATAGATCAGGTCTTGCATCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAg > 1:15624/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAg > 1:514813/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACg < 1:505749/150‑1 (MQ=255) ccATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGt > 1:334464/1‑150 (MQ=255) ccATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGt > 1:138438/1‑150 (MQ=255) ccATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGt > 2:59057/1‑150 (MQ=255) gtAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCgg > 2:442970/1‑150 (MQ=255) tCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTc > 2:78935/1‑125 (MQ=255) tCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTc < 1:78935/125‑1 (MQ=255) gAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACg < 1:47821/150‑1 (MQ=255) aaaCACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACgg > 2:55863/1‑150 (MQ=255) cgcgCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATg < 1:442970/150‑1 (MQ=255) cgcgCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATg < 2:514813/150‑1 (MQ=255) gccgcTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTg > 1:636541/1‑150 (MQ=255) tgcATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCTCAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATg > 1:438455/1‑150 (MQ=255) tgcATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATg > 2:691151/1‑150 (MQ=255) cATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGAc > 1:606150/1‑150 (MQ=255) tgttgtGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGAc > 2:409646/1‑148 (MQ=255) tgttgtGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGAc < 1:409646/148‑1 (MQ=255) cgatg‑acgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct > 1:677169/1‑150 (MQ=255) atgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCg < 2:138438/150‑1 (MQ=255) tACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCGAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACgg > 2:553605/1‑103 (MQ=255) tACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACgg < 1:553605/103‑1 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGccc > 2:431322/1‑150 (MQ=255) ttGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGccc > 1:430046/1‑150 (MQ=255) tGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCa < 2:430046/150‑1 (MQ=255) ggATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGCCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAg > 2:24685/1‑150 (MQ=255) ttCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTc > 2:511732/1‑150 (MQ=255) tAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTc > 1:762776/1‑80 (MQ=255) tAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTc < 2:762776/80‑1 (MQ=255) aTCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAgg < 1:59057/150‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCgg < 2:636541/150‑1 (MQ=255) gatctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTc > 1:321409/5‑150 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCtt < 1:55863/150‑1 (MQ=255) ctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCtt > 2:421691/2‑150 (MQ=255) tcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTg > 1:284033/1‑150 (MQ=255) gACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGAc < 2:321409/150‑1 (MQ=255) gACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGAc < 2:284033/150‑1 (MQ=255) cAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTCGACatcatc < 2:80388/150‑1 (MQ=255) | AACAGGGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATG‑ACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGTC > NC_002947/6071790‑6072088 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |