Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 689,981 | A→G | 14.7% | V220A (GTG→GCG) | PP_0591 ← | adenosine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 689,981 | 0 | A | G | 14.7% | 74.6 / 5.8 | 34 | V220A (GTG→GCG) | PP_0591 | adenosine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/12); new base G (2/3); total (19/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 |
TTTCACACCACGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCT > NC_002947/689833‑690117 | tttCACACCACGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCAc > 1:313147/1‑150 (MQ=255) cacGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCACTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAttga < 1:534507/150‑4 (MQ=255) gAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGCTCGGACACGCAGAGCGTGGTGTTGGGCAGAGGGCACACCGTGAGCGGGATCTACTCGTCGATGATGAGCTGCATCAGGCGGTCGTGCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTGGGTACGGTTGATCtt > 2:422002/1‑150 (MQ=255) tgCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCg > 1:674068/1‑150 (MQ=255) gCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGc < 1:164211/150‑1 (MQ=255) tatGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTccc > 1:446564/1‑150 (MQ=255) gTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGAt < 2:674068/150‑1 (MQ=255) cacGCAGCGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCCTGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTCCTc > 2:775749/1‑150 (MQ=255) gCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTcggg > 2:25760/1‑150 (MQ=255) agagCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAtcgag > 1:137435/1‑96 (MQ=255) agagCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAtcgag < 2:137435/100‑5 (MQ=255) agagCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTcgggcg > 2:477311/1‑150 (MQ=255) taCAGCGGGCACACCGTGACCGTGATCTCCTCGTCGATGATCCGCTCCATCATGCGCTCGTCATCGATGGCGCGCACGCCATGGTTGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGTCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCa < 1:422002/149‑1 (MQ=255) gACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGAt < 2:694076/125‑1 (MQ=255) gACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGAt > 1:694076/1‑125 (MQ=255) gCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTcag < 1:792448/100‑1 (MQ=255) gCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTcag > 2:792448/1‑100 (MQ=255) gCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGc > 2:128887/1‑150 (MQ=255) cGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGc < 2:446564/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGcga > 2:350931/1‑150 (MQ=255) gCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGcgacga < 2:651791/150‑1 (MQ=255) cGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGaa < 2:439286/150‑1 (MQ=255) gATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGcga < 2:812702/143‑1 (MQ=255) gATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGcga > 1:812702/1‑143 (MQ=255) gATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGcc > 1:199297/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGTAGATGGTGCTCTGCATCAGACGCTGGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGAACTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTc < 1:149044/150‑1 (MQ=255) gcTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTcgggcggg < 2:548236/95‑1 (MQ=255) gcTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTcgggcggg > 1:548236/1‑95 (MQ=255) gcTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGa > 1:612485/1‑150 (MQ=255) ggCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCtt > 2:599160/1‑123 (MQ=255) ggCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCtt < 1:599160/123‑1 (MQ=255) cTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCt > 2:306870/1‑150 (MQ=255) caTGGCGTGCGCGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTc > 2:215092/2‑126 (MQ=255) caTGGCGTGCGCGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTc < 1:215092/125‑1 (MQ=255) | TTTCACACCACGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCT > NC_002947/689833‑690117 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |