| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2954698 | 16 (0.610) | 4 (0.180) | 4/226 | 2.5 | 20.4% | intergenic (‑158/‑123) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 2954716 | 18 (0.830) | intergenic (‑176/‑105) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator | |||||
TCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACA > NC_002947/2954548‑2954846 | tCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGC > 2:411298‑M1/1‑150 (MQ=255) tGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCt > 2:229513/1‑150 (MQ=255) aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTTATGATCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGc < 1:286967/150‑1 (MQ=255) acacCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCg < 1:191848/150‑1 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTTGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgc < 2:521137‑M2/150‑3 (MQ=255) ggCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcacc > 1:229513‑M2/1‑143 (MQ=255) aGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcacccca < 2:592788‑M2/150‑11 (MQ=255) cGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaag < 2:581623‑M1/150‑32 (MQ=255) cGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagg < 1:411298‑M1/150‑33 (MQ=255) gAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagg > 1:102925‑M1/1‑118 (MQ=255) gCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggt < 2:102925‑M1/150‑35 (MQ=255) gCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCAACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGTGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggt > 2:167200‑M2/1‑134 (MQ=255) cAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtg > 1:89168‑M2/1‑133 (MQ=255) aGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaag < 2:485370‑M2/130‑14 (MQ=255) aGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaag > 1:485370‑M2/1‑117 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcacc < 2:267883‑M2/119‑8 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcacc > 1:267883‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCt > 2:427228/1‑150 (MQ=255) gCGGAAAGCTTGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGAACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGGTTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCaa < 1:521137/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACt < 1:592788/150‑1 (MQ=255) ggCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggt > 2:430728‑M2/1‑74 (MQ=255) ggCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggt < 1:430728‑M2/90‑17 (MQ=255) gCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCAGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGcggcgg > 1:595539/1‑150 (MQ=255) cGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGACTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGTACCGCACTGGCGGCGGt < 2:48330/150‑1 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGa > 2:53180/1‑150 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGa > 2:621131/1‑150 (MQ=255) tCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatc > 1:242237/1‑150 (MQ=255) cACCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctg > 1:89168‑M1/1‑17 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgcc < 1:430728‑M1/90‑75 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgcc > 2:430728‑M1/1‑16 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccacaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgttggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgc > 2:167200‑M1/1‑16 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgc < 2:102925‑M2/150‑117 (MQ=255) aCCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACcaatcaa > 1:30324/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcg < 1:411298‑M2/150‑119 (MQ=255) ccTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctc > 1:102925‑M2/1‑32 (MQ=255) ccTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc < 2:131448/112‑1 (MQ=255) ccTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGc > 1:131448/1‑112 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacct < 2:485370‑M1/130‑118 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacct > 1:485370‑M1/1‑13 (MQ=255) cTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcg < 2:581623‑M2/150‑120 (MQ=255) tGGGGTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcct < 2:592788‑M1/150‑141 (MQ=255) ggTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgcc > 1:229513‑M1/1‑7 (MQ=255) ggTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaa > 1:267883‑M1/1‑7 (MQ=255) ggTGAGCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaa < 2:267883‑M1/119‑113 (MQ=255) gCcgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcaagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcgcgagcctgctcgcctgccgcggt < 2:521137‑M1/150‑149 (MQ=255) gCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCttt < 1:326548/143‑1 (MQ=255) gCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCttt > 2:326548/1‑143 (MQ=255) | TCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACA > NC_002947/2954548‑2954846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |