| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,408,400 | Δ1 bp | 5.1% | coding (208/1566 nt) | PP_2111 ← | aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,408,400 | 0 | A | . | 5.1% | 310.7 / 9.8 | 98 | coding (208/1566 nt) | PP_2111 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/48); new base . (3/2); total (48/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTGGGTTTGACCCGCACCGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATC > NC_002947/2408252‑2408548 | gTGGGTTTGACCCGCACCGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCcac > 1:177638/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCaaa > 2:2096642/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACCATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCaaa > 2:2096702/1‑150 (MQ=255) cGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGc < 1:2134777/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAgg > 2:2100163/1‑150 (MQ=255) aGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTa < 2:1937085/150‑1 (MQ=255) ccTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGCGGCCTATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGCTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGt > 1:2223018/1‑150 (MQ=255) ccTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGt > 2:2353610/1‑150 (MQ=255) cTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTg < 2:177638/150‑1 (MQ=255) tGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTgg > 2:2297249/1‑150 (MQ=255) ttgttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACgg < 2:1990574/127‑1 (MQ=255) ttgttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACgg > 1:1990574/1‑127 (MQ=255) ttgttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGgcgc < 1:234349/150‑1 (MQ=255) tgttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCa < 1:1558151/150‑1 (MQ=255) gcaTCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCAcc > 1:1892729/3‑150 (MQ=255) aTCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCggg > 2:1194110/1‑138 (MQ=255) aTCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCggg < 1:1194110/138‑1 (MQ=255) tCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCca > 1:2403946/1‑104 (MQ=255) tCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCca < 2:2403946/104‑1 (MQ=255) tCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAgg > 1:1675677/1‑150 (MQ=255) gAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGtt < 2:539372/150‑1 (MQ=255) gAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGtt > 2:2062979/1‑150 (MQ=255) aaTGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCCGTAATGGTAGCATGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTCAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTtgtg < 1:1705995/150‑1 (MQ=37) aTGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgc < 1:1389428/150‑1 (MQ=255) ggggTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTTCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgcggt < 1:2100163/150‑1 (MQ=255) ggTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACg > 2:1314317/1‑109 (MQ=255) ggTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACg < 1:1314317/109‑1 (MQ=255) ggTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTAGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgcggtgc > 1:1103748/1‑150 (MQ=255) gTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATg‑g > 2:435524/1‑99 (MQ=255) gTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATg‑g < 1:435524/99‑1 (MQ=255) tGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTgcgc < 1:2353610/150‑1 (MQ=255) aTAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAac < 2:2229029/100‑1 (MQ=255) aTAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAac > 1:2229029/1‑100 (MQ=255) aTAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGt > 2:951918/1‑150 (MQ=255) aTAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GCCAGTCACGGCATGCGGTACGTCGGGGTGGCGGACCAGGTTGTGCGGTAAGCCCGt > 1:1353276/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCa > 1:1084557/1‑150 (MQ=255) gCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGc > 1:1848935/1‑150 (MQ=255) gCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGc > 1:2303537/1‑150 (MQ=255) cccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGt < 1:2343796/101‑1 (MQ=255) cccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGt > 2:2343796/1‑101 (MQ=255) ccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgcggt < 2:303268/130‑1 (MQ=255) ccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgcggt > 1:303268/1‑130 (MQ=255) ccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTcgcg < 2:2223018/150‑1 (MQ=255) 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cATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGt > 1:2153162/1‑150 (MQ=255) aTCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTg > 2:1046900/1‑150 (MQ=255) tCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGa < 2:609547/150‑1 (MQ=255) cACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATc < 2:1038117/150‑1 (MQ=255) ttGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTg < 1:722556/150‑1 (MQ=255) ccgtgTTTGCC‑CATATGTGGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGt > 1:2333280/5‑150 (MQ=255) tgTTTGCC‑CATATGTGGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCgg < 1:1690446/84‑1 (MQ=38) tgTTTGCC‑CATATGTGGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCgg > 2:1690446/2‑85 (MQ=37) tgTTTGCC‑CATATGTGGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAg > 2:425126/2‑109 (MQ=39) tgTTTGCC‑CATATGTGGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAg < 1:425126/108‑1 (MQ=39) gTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTg < 2:2303537/150‑1 (MQ=255) tttGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGCGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTgg < 2:2354412/150‑1 (MQ=255) ttGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGga > 1:2031433/1‑150 (MQ=255) tGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGgag < 1:2062979/150‑1 (MQ=255) ccACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATaaa < 1:950136/102‑1 (MQ=255) ccACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATaaa > 2:950136/1‑102 (MQ=255) ccACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGAt > 2:1688362/1‑150 (MQ=255) cacaTATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTCGCATTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATc < 1:2297249/150‑1 (MQ=255) | GTGGGTTTGACCCGCACCGACTCGAAGCCGACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCACATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATC > NC_002947/2408252‑2408548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |