| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,447,094 | Δ1 bp | 5.3% | coding (440/1011 nt) | nagZ → | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,447,094 | 0 | T | . | 5.3% | 359.2 / 13.0 | 113 | coding (440/1011 nt) | nagZ | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/53); new base . (4/2); total (57/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCTGAGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTT‑CGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGACCTGG > NC_002947/2446946‑2447243 | gCTGAGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTT‑CGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTg < 2:2190854/150‑1 (MQ=255) cTGAGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTT‑CGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTgg < 2:40633/150‑1 (MQ=255) tGAGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTT‑CGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGc > 1:578465/1‑150 (MQ=255) 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1:1172658/4‑78 (MQ=38) atgaaCGCGCC‑GGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCa > 1:1970434/4‑150 (MQ=255) gCAACGCGCCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAg > 1:671539/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTc < 1:245824/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCGGCCA‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTc > 1:38712/1‑150 (MQ=255) aCGCGCCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTcc < 2:1102456/150‑1 (MQ=255) aCGCGCC‑GGCCAGGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTcc > 1:1185250/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGa > 1:436632/1‑150 (MQ=255) cgcCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGAc < 1:1635249/150‑1 (MQ=255) cTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTg < 1:855368/99‑1 (MQ=255) cTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTg > 2:855368/1‑99 (MQ=255) cTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATAGCCGCCTTTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGACCTg > 1:2358631/1‑150 (MQ=255) tGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGACCTgg > 2:2229736/1‑150 (MQ=255) | GCTGAGCAGTGCGGCTGGCTGATGGCGACCGAGGTGCTGGCGGTTGGCCTGGACCTCAGCTTCGCTCCGGTGCTCGACCTGGACCACCAGCGTAGCGCCGTGGTGGGCAGCCGCGCGTT‑CGAGGGTGACCCGCTGCTTGCAACGCGCCTGGCC‑GGCGCGTTCATCCGTGGCATGAATGCGGCGGGTATGGCCGCCTGTGGCAAGCATTTCCCGGGGCATGGCTGGGCCGAAGCCGATTCGCACGTGGCCATCCCCACTGATGAACGCAGCCTGGAACAACTGCGCCAGTCCGACCTGG > NC_002947/2446946‑2447243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |