| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,510,285 | Δ1 bp | 6.8% | coding (1489/1725 nt) | copA‑I ← | copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,510,285 | 0 | T | . | 6.8% | 317.3 / 15.7 | 103 | coding (1489/1725 nt) | copA‑I | copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/39); new base . (2/5); total (58/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CGGTCACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGG > NC_002947/2510138‑2510431 | cggTCACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATgc > 2:1702936/1‑150 (MQ=255)cggTCACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATgc < 1:1702936/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcg > 1:794989/1‑150 (MQ=255) cccGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgc < 1:1182985/150‑1 (MQ=255) cccGGTAGGTGCGACGGCGGTCGGGCGGGATAGCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgc < 2:1944090/150‑1 (MQ=255) ccGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgcg > 1:945092/1‑150 (MQ=255) ccGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCAcgcg > 1:20310/1‑150 (MQ=255) gTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCg > 1:682477/1‑150 (MQ=255) 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ccgctgcggctgacctacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTAGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGt > 1:441747‑M1/19‑117 (MQ=255) atGGTGTCGTTGAACAGGGTGATGCGGACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGAGGCAGCGGTTGGGCGGCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGATCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCCCGATGTAACGCGATggagaacgg > 2:112079/1‑143 (MQ=255) tgtCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCGCGGTGGCACGCGATGGCGGGCGACCGt > 1:1963718/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc > 1:1631589/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 2:897251/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 1:58703/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATCCGCACGGGG‑TCACTGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGGCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGGCCGTcc < 2:2196989/150‑1 (MQ=255) gTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGA‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGAGGTTGGGCGTGGCGGAACTTGATGCCGTAGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTAAGGTGCAGCTCGATGTCCCGCGATGGCGGGCGACCGACCgg > 1:359090/1‑150 (MQ=255) ctacGGTGA‑GCGCTTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 2:93284‑M1/146‑1 (MQ=255) ctacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 1:590042‑M1/146‑1 (MQ=255) ccAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 1:751256/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 2:963665/150‑1 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAg > 2:763385‑M1/4‑79 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAg < 1:763385‑M1/76‑1 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:462075‑M1/147‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCTTTTAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 1:1869218/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa < 2:26598/136‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa > 1:26598/1‑136 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:1636004/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 2:146464/1‑150 (MQ=255) gggTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGt < 1:599338/150‑1 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt > 1:915787‑M1/1‑60 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt < 2:915787‑M1/60‑1 (MQ=255) TGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAgg > 2:1631589‑M1/1‑150 (MQ=255) | CGGTCACCCGGTAGGTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGG > NC_002947/2510138‑2510431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |