| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,634,566 | Δ1 bp | 5.5% | coding (985/1872 nt) | PP_2304 → | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,634,566 | 0 | G | . | 5.5% | 338.8 / 14.1 | 110 | coding (985/1872 nt) | PP_2304 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/58); new base . (3/3); total (49/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GACGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAACTGACC > NC_002947/2634419‑2634715 | gACGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGAc > 1:1301869/1‑150 (MQ=255) cGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGAccc < 2:1660983/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCgg > 1:231066/1‑150 (MQ=255) aaGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGaa > 2:1022883/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAaga < 2:2378925/150‑1 (MQ=255) cgcgCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGCGGCCTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGgcg < 1:1831634/150‑1 (MQ=255) cGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCt < 2:1407298/147‑1 (MQ=255) cGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCt > 1:1407298/1‑147 (MQ=255) cGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTa > 2:1987009/1‑150 (MQ=255) gAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTAc > 1:439304/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTg > 2:523973/1‑150 (MQ=255) gAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAg < 2:889941/150‑1 (MQ=255) gAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGAATTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAg > 2:1796580/1‑150 (MQ=255) gcagcGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGa > 1:765294/1‑150 (MQ=255) gcagcGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGa < 2:231066/150‑1 (MQ=255) agcGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATg < 1:450251/150‑1 (MQ=255) agcGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATg < 2:134618/150‑1 (MQ=255) gTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGc < 2:1055063/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGttt > 2:2238658/1‑98 (MQ=255) tCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGttt < 1:2238658/98‑1 (MQ=255) tCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCt > 1:1896111/1‑150 (MQ=255) ggCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTg < 2:1990750/150‑1 (MQ=255) ggccGGGTCGTATAC‑ACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGa > 2:61015/3‑150 (MQ=255) gCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGa < 1:503892/150‑1 (MQ=255) 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2:451574/150‑1 (MQ=255) ccGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAg < 1:1503129/150‑1 (MQ=255) ccGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAg > 1:373677/1‑150 (MQ=255) gggT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCa < 2:508112/90‑1 (MQ=255) gggT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGa < 2:1261392/150‑1 (MQ=255) gtATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACaaa < 1:1105793/150‑1 (MQ=255) taCGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCAGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGGAGTACCGAGCTTCGCGAGCCTGAAGGACCAACTg > 1:342289/1‑150 (MQ=255) aCGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAACTGa > 1:1875448/1‑150 (MQ=255) cGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGACTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAACTGAc < 2:47307/150‑1 (MQ=255) gACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAACTGAcc > 1:2165614/1‑150 (MQ=255) | GACGCCCAGGCCAAGGCCCGCGCCGAAGAGATCGAGCAGCGTCTGGCCAAGGGTGAGGACTTTGCCGCTTTGGCCAAGGAGTTCTCTCAGGACCCAGGCTCCGCCAACACCGGTGGTGACCTCGGCTTTGCCGGCCCGGGT‑GTATACGACCCGGCCTTCGAAGAGGCGCTGTACAAGCTGCAGGATGGGCAGGTATCTGCACCGGTGCGCACCGAGTTTGGCTACCATCTGATCAAGCTGCTGGGCGTCCAGGCGCCAGAAGTACCGAGCTTCGCCAGCCTGAAGGACAAACTGACC > NC_002947/2634419‑2634715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |