| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,719,298 | Δ1 bp | 7.6% | coding (382/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,719,298 | 0 | A | . | 7.6% | 370.1 / 24.2 | 118 | coding (382/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/51); new base . (4/5); total (62/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTG > NC_002947/2719160‑2719447 | aCTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGcc > 1:1028521/1‑150 (MQ=255) cTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATGGCTGGCCa < 2:2019082/150‑1 (MQ=255) aCGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACACCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCAGGGC‑GGCCAgg < 1:2256254/150‑1 (MQ=255) 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ccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggt < 2:1560605/150‑1 (MQ=255) cgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggtg < 2:2311980/150‑1 (MQ=255) gCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggtgg > 2:2335222/1‑150 (MQ=255) aTGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACCGACCCCGATCAGCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGAc < 2:1407713/150‑1 (MQ=255) aTGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGAc < 1:1194786/150‑1 (MQ=255) 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cGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTgaaggaag < 2:715115/134‑1 (MQ=255) agaTCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGc < 1:2335222/150‑1 (MQ=255) tCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGc < 2:2115398/109‑1 (MQ=255) tCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGc > 1:2115398/1‑109 (MQ=255) cAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGa > 2:1822998/1‑150 (MQ=255) cAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGa < 2:403968/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGGCAGTGGCAAGGTTGAGGCCATGCCGGTGTCACCATGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGt > 1:1250861/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCa < 2:2388064/70‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCa > 1:2388064/1‑70 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGa < 1:1370717/106‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGa > 2:1370717/1‑106 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTa > 1:1789543/1‑150 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGCGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAgc < 2:354198/128‑1 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGCGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAgc > 1:354198/4‑131 (MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTcc > 2:299323/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGCAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTcc < 1:1503585/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCg > 1:1574368/1‑150 (MQ=255) cTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCg > 2:1199833/1‑150 (MQ=255) cTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGcc > 1:1317473/1‑57 (MQ=25) cTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGcc < 2:1317473/57‑1 (MQ=25) ggCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGa < 1:1012658/150‑1 (MQ=255) cagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACACTGCTCGACCGTCTTccaaagcc > 2:2316314/1‑144 (MQ=255) agccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGACACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTg > 1:331101/1‑150 (MQ=255) | GACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTG > NC_002947/2719160‑2719447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |