Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,973,302 | Δ1 bp | 6.1% | coding (615/1713 nt) | PP_2600 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,973,302 | 0 | A | . | 6.1% | 416.8 / 19.5 | 131 | coding (615/1713 nt) | PP_2600 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/62); new base . (4/4); total (64/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTCGCGACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTC > NC_002947/2973156‑2973449 | gTCGCGACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCa > 2:1038607/1‑150 (MQ=255) cgACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑c < 2:672876/150‑1 (MQ=255) gACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cg > 2:445663/1‑150 (MQ=255) ccACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCGGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGc > 1:2198018/1‑150 (MQ=255) ccACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCG‑CCATGGTCGGGc < 2:187339/150‑1 (MQ=255) cACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCATGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCCGGTGAAAACCCCGACCATGG‑CGGGcc > 1:126063/1‑150 (MQ=255) cACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGcc < 2:1189106/150‑1 (MQ=255) cACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGcc > 1:1889334/1‑150 (MQ=255) aCGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGAc < 2:1374600/138‑1 (MQ=255) aCGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGAc > 1:1374600/1‑138 (MQ=255) aCGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCa > 2:1914612/1‑150 (MQ=255) cGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAg < 1:1555603/150‑1 (MQ=255) ccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAggtgg < 2:1889334/150‑1 (MQ=255) ccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAg > 1:1112521/1‑146 (MQ=255) ccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAg < 2:1113079/146‑1 (MQ=255) ccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAg < 2:1112521/146‑1 (MQ=255) ccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAg > 1:1113079/1‑146 (MQ=255) gcgcACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCATTTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTa > 2:1899259/1‑150 (MQ=255) gcgcACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTa < 2:2169639/150‑1 (MQ=255) gcACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACa < 1:222259/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAgg > 2:845438/1‑150 (MQ=255) tGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTgg < 1:1409686/150‑1 (MQ=255) gCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAgg > 2:736437/1‑136 (MQ=255) cACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTggcggc > 1:323355/1‑150 (MQ=255) ccTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaa > 2:481854/1‑150 (MQ=255) cTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa < 2:467802/150‑1 (MQ=255) aTCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAgcgc < 2:1302181/150‑1 (MQ=255) aTCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAgcgc < 2:2039147/150‑1 (MQ=255) cagcagGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCtt < 2:2351480/150‑1 (MQ=255) agcagGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGTTGGACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTg > 2:789856/1‑150 (MQ=255) gcagGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cgg > 2:1288235/1‑116 (MQ=255) gcagGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cgg < 1:1288235/116‑1 (MQ=255) ggCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑c > 2:805180/1‑104 (MQ=255) ggCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑c < 1:805180/104‑1 (MQ=255) ggCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTgcag > 1:708984/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa > 1:231456/1‑129 (MQ=255) cGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa > 1:231039/1‑129 (MQ=255) cGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa < 2:231456/129‑1 (MQ=255) cGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa < 2:231039/129‑1 (MQ=255) cGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTCCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGcagcag < 1:548332/150‑1 (MQ=255) cGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCacac > 2:632499/1‑135 (MQ=255) cGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCacac < 1:632499/135‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGc < 1:393744/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGa > 2:833205/1‑150 (MQ=255) aGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGctaccag < 2:2400289/150‑7 (MQ=255) aGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCgg < 1:445663/150‑1 (MQ=255) gTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTggcg > 1:386023/1‑105 (MQ=255) gTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTggcg < 2:386023/105‑1 (MQ=255) gCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCa < 2:2106026/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa < 1:789856/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCAGGTTGa > 1:238753/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAg < 2:1292477/150‑1 (MQ=255) gTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGCGCATTGCCCGCCCCACG‑CGGCTCTTGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTAAGGaa < 2:573562/150‑1 (MQ=255) tgCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cgg > 2:1663068/1‑67 (MQ=255) tgCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cgg < 1:1663068/67‑1 (MQ=255) ccGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGc > 2:1445643/1‑67 (MQ=255) ccGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGc < 1:1445643/67‑1 (MQ=255) ccGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCaa > 1:1390533/1‑150 (MQ=255) ccGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCaa > 1:1155594/1‑150 (MQ=255) gATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTc < 2:324910/129‑1 (MQ=255) tttAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGAcc < 1:1726077/54‑1 (MQ=255) gCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTAAAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGCGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCa > 2:470447/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGtt > 1:1526155/1‑126 (MQ=255) cAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGtt < 2:1526155/126‑1 (MQ=255) ggCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAggc < 1:1693833/133‑1 (MQ=255) ggCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAggc > 2:1693833/1‑133 (MQ=255) gcgcCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCAt > 1:1187498/1‑118 (MQ=255) ccaccaGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGa > 2:560220/1‑150 (MQ=255) caGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTc > 1:2167487/1‑109 (MQ=255) aGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGc < 2:198411/150‑1 (MQ=255) aGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGGGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAACGGCGTCACCGGCCATGGTCGGc > 2:1829318/1‑150 (MQ=255) ccACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGc < 1:2337205/150‑1 (MQ=255) cacCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCa > 1:1985397/1‑150 (MQ=255) gTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGa > 1:1376972/1‑90 (MQ=255) gTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGa < 2:1376972/90‑1 (MQ=255) gTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCa < 1:1946054/124‑1 (MQ=255) ttGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATg > 2:1222298/1‑99 (MQ=255) ttGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa > 2:796004/1‑103 (MQ=255) ttGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa < 1:796004/103‑1 (MQ=255) gACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGa < 2:1985397/150‑1 (MQ=255) gACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGa < 1:1899259/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGTCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCACGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGt > 1:290989/1‑150 (MQ=255) aGGTACATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGtt > 2:1296569/1‑150 (MQ=255) gTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTc < 1:1047216/150‑1 (MQ=255) acctGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTcgc > 2:863851/4‑150 (MQ=255) cctGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTcgcg > 1:209142/3‑150 (MQ=255) cATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGc > 2:2291839/1‑80 (MQ=255) ctGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGa < 1:2266659/139‑1 (MQ=255) ctGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGa > 2:2266659/2‑140 (MQ=255) tGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCa < 1:833205/150‑1 (MQ=255) tGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCa < 1:863851/150‑1 (MQ=255) ggCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCAt < 1:2244606/150‑1 (MQ=255) cccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCa > 1:1158256/1‑147 (MQ=255) cccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCa < 2:1158256/147‑1 (MQ=255) cccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATgg > 1:1119716/1‑150 (MQ=255) ccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCtt > 2:1786080/1‑45 (MQ=255) ccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAg < 1:77401/73‑1 (MQ=255) ccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa > 1:1227931/1‑86 (MQ=255) ccGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa < 2:1227931/86‑1 (MQ=255) cGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGTCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCACGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTc < 2:290989/150‑1 (MQ=255) | GTCGCGACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTC > NC_002947/2973156‑2973449 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |