| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,263,401 | 0 | T | . | 6.2% | 352.9 / 16.8 | 112 | coding (1189/1635 nt) | PP_2861 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/50); new base . (4/3); total (59/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTGACCGCAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGC > NC_002947/3263253‑3263548 | ttGACCGCAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATg > 2:1275854/1‑150 (MQ=255) aCCGCAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATggcg > 1:1875590/1‑150 (MQ=255) cGCAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCACCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATggcggc > 2:1074503/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCGCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCCATCGA‑GGCGGCac < 2:398547/150‑2 (MQ=38) cAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCCATCGA‑GGCGGCac < 1:2190281/150‑2 (MQ=255) cAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCAt > 1:1747624/1‑150 (MQ=255) aGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCAtt < 1:896866/150‑1 (MQ=255) aGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCAtg < 1:202049/150‑2 (MQ=255) cGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAgcgc > 2:1841202/1‑150 (MQ=255) gactgactCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGcc > 1:935726/1‑150 (MQ=255) gactgactCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGcc > 1:1820691/1‑150 (MQ=255) ctgactCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCcag < 2:1747624/150‑1 (MQ=255) gactCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCcagca < 2:1820691/150‑1 (MQ=255) actCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCATGCCGCCATCGA‑GGCGGCacgg < 1:863391/139‑4 (MQ=38) actCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCATGCCGCCATCGA‑GGCGGCacgg > 2:863391/1‑136 (MQ=38) ctctGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATTGCGGCATTCGGCGCCAGCAgg < 2:398884/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTg > 1:1973493/1‑150 (MQ=255) cAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGt < 1:1694088/150‑1 (MQ=255) 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ctcGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTGGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCAc < 1:1692654/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTc > 1:1491481/1‑150 (MQ=255) ccGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTg < 2:1788977/119‑1 (MQ=255) ccGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTg > 1:1788977/1‑119 (MQ=255) ccGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCa < 2:731241/150‑1 (MQ=255) gTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCg > 2:605772/1‑126 (MQ=255) 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ttGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGGCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGt > 1:48686/1‑150 (MQ=255) gCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCa < 2:402767/150‑1 (MQ=255) tCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGc > 1:1752299/1‑150 (MQ=255) tCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGCCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGc > 1:221953/1‑150 (MQ=255) tCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCAGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCGCGCCGCCGATGCGCGTGCTATGGCCGGCCAGGACGCGGATTACCGGTACGGCCTCATCGATGGTCAGc > 2:1934698/1‑150 (MQ=39) gC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATgg > 2:462179/1‑143 (MQ=255) gC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGa > 2:2149840/1‑150 (MQ=255) aGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAg > 1:2043308/1‑150 (MQ=255) gCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCa > 2:2218450/1‑142 (MQ=255) tgaatGCCGCCATCGA‑GGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGc > 2:409736/5‑150 (MQ=255) ccGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGcc < 1:1319631/127‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGcc > 2:1319631/1‑127 (MQ=255) ccGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCg > 1:1638270/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGCCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCg < 1:624477/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCAGCCCAGGGCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCg > 1:1143498/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCgg < 1:200982/150‑1 (MQ=255) aatGCCGCCATCGA‑GGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCgg > 1:1668934/3‑150 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTcgc < 2:228831/108‑1 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTcgc > 1:228831/1‑108 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGt < 1:106686/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGt > 2:75814/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGt < 1:1581547/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGt < 1:2176576/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCATCGA‑GGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCAAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGTCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTCCGGCCTCATAGGTGGTCAGGGACAGGCGGTc > 1:825397/1‑150 (MQ=255) tCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTgc < 1:102009/150‑1 (MQ=255) tCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAACACGCCCCCGATCCGCCTACTTTGGCCGGCTCCAGCGCGTATTACCTGTACGGCCTCAGCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTgc < 2:1479598/150‑1 (MQ=37) gATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTgcgc < 2:1113657/150‑1 (MQ=255) | TTGACCGCAGCGTCCGACTGACTCTGCAGGTGCTCGATCATGGTATGAATCTCGGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGC‑CAGCCCGTGCCGCC‑TCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGC > NC_002947/3263253‑3263548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |