| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,610,313 | Δ1 bp | 6.2% | intergenic (‑38/+18) | PP_3183 ← / ← mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,610,313 | 0 | G | . | 6.2% | 288.3 / 14.3 | 97 | intergenic (‑38/+18) | PP_3183/mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/39); new base . (3/3); total (54/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
CCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCA > NC_002947/3610165‑3610460 | ccAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATgg > 1:1131809/1‑150 (MQ=255) gggAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATggcgg > 2:1888713/1‑150 (MQ=255) ggAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATggcggc > 1:1032309/1‑150 (MQ=255) gagGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCC‑AT‑GCGGcccc < 1:2208741/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTA‑CACC‑‑GAATCGTTCTGAGCAGCCGGTCATGATTCGGTACTCGTAGGTTGGCTGATGCGTCGCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCt > 1:44278/1‑150 (MQ=255) gctgctTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTg > 1:1682198/1‑150 (MQ=255) gCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt > 1:2278523/1‑150 (MQ=255) cACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGt > 1:1817341/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt < 2:1998132/150‑1 (MQ=255) cgttcgttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtg < 2:1342136/150‑1 (MQ=255) gttcgttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtgt < 1:1190332/150‑1 (MQ=255) gttcgttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtgt > 1:375245/1‑150 (MQ=255) gttcgttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtgt < 1:839182/150‑1 (MQ=255) ttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCttt < 1:1895469/129‑1 (MQ=255) ttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCttt > 2:1895469/1‑129 (MQ=255) ggggTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGgc < 2:959947/150‑1 (MQ=255) gggTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCCGAGATTGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGCCTGgcg > 1:2331648/1‑150 (MQ=255) gTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCt < 2:1682198/150‑1 (MQ=255) gTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCt > 1:2204883/1‑150 (MQ=255) ttGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGTAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt > 2:666154/1‑137 (MQ=255) ttGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGTAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt < 1:666154/137‑1 (MQ=255) aaCGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCAc > 2:2251089/1‑150 (MQ=255) ccAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCCGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCt > 1:1953551/1‑150 (MQ=255) cAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTAGCAGCAGGAATCG‑‑N‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCACGCGACACACTTGTATGTGACTGGCGCAGACAccagcag > 1:738958/1‑145 (MQ=255) cAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCC‑AT‑GCGGccccc < 1:459486/109‑2 (MQ=255) cAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCC‑AT‑GCGGccccc > 2:459486/1‑108 (MQ=255) aaCGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGcc < 1:1888713/150‑1 (MQ=255) cGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt < 1:2144731/118‑1 (MQ=255) cGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt > 2:2144731/1‑118 (MQ=255) aTGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGt < 2:302944/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt < 2:669437/113‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt > 1:669437/1‑113 (MQ=255) tGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt < 1:318601/117‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt > 2:318601/1‑117 (MQ=255) cTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGa < 2:1424947/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTa > 2:1311612/1‑113 (MQ=255) tGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTa < 1:1311612/113‑1 (MQ=255) tGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGAt > 1:2125606/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGAt > 2:698077/1‑150 (MQ=255) ggcgAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCa > 2:1160168/1‑150 (MQ=255) gAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCG > 1:1319914‑M1/1‑150 (MQ=255) aacaacGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGT > 1:364862‑M1/1‑150 (MQ=255) aacGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGAC > 1:29446‑M1/1‑150 (MQ=255) aacGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGAC > 1:52870‑M1/1‑150 (MQ=255) aacGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCAGCCTCGCCTTGAACTCAGAGGTAGGTGGCGGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGAC > 1:1250820‑M1/1‑150 (MQ=255) cGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCg > 1:1425366/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGt > 1:881411/1‑150 (MQ=255) cAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCg < 2:375245/150‑1 (MQ=255) ttACCGGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCt > 2:1776719/2‑150 (MQ=255) gTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCCGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCt < 2:44278/150‑1 (MQ=255) gTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCt > 2:2361594/1‑150 (MQ=255) tACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTg > 2:1068635/1‑150 (MQ=255) gcagGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTg > 2:2183054/1‑150 (MQ=255) gcagGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTg > 1:1381917/1‑150 (MQ=255) cagGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTgg < 1:1705487/150‑1 (MQ=255) aaTCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGc > 1:1130822/1‑68 (MQ=255) aaTCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGc < 2:1130822/68‑1 (MQ=255) aaTCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCgg < 1:1776719/150‑1 (MQ=255) aaTCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCgg < 2:2125606/150‑1 (MQ=255) aTCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTAACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCggg < 2:408973/150‑1 (MQ=255) tCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTg < 1:1180343/80‑1 (MQ=255) tCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTg > 2:1180343/1‑80 (MQ=255) cATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGTGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCaaa > 1:554765/1‑150 (MQ=255) aTGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAg > 1:1343061/1‑150 (MQ=255) tGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTg > 1:1758606/1‑64 (MQ=255) tGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTg < 2:1758606/64‑1 (MQ=255) aGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCg < 1:2361594/150‑1 (MQ=255) cGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtg < 2:1032309/150‑1 (MQ=255) gggCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGGTGGGGGCAC‑C‑GTATGGGCCCTGACCTGCACTCACTGGTAGGTGACGGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGTGCCAAAGCCggtgt < 2:1131809/150‑2 (MQ=255) gtattatgCGGTACTAGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCT‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtggtg < 2:1343061/145‑1 (MQ=255) gCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTg < 2:2405175‑M2/150‑2 (MQ=255) cATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTgg < 1:1248521‑M2/150‑3 (MQ=255) atgAGGTCTTCGTGGGTTGTCGGTTGGGGGCCG‑T‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCGCTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACTGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCAGCGTGACCGTCGCTGGCGTTTCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCAc < 2:989120/150‑1 (MQ=255) tgCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCAcc > 2:514272/1‑150 (MQ=255) ggTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCt > 2:278221/1‑150 (MQ=255) ccTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAcc < 2:1319914/150‑1 (MQ=255) cTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAGGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAccc > 2:1782826/1‑150 (MQ=255) tCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGAt < 1:1658217/91‑1 (MQ=255) tCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGAt > 2:1658217/1‑91 (MQ=255) gTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACg > 2:670841/1‑150 (MQ=255) gTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACg < 2:1521009/150‑1 (MQ=255) tGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 1:707574/1‑150 (MQ=255) tGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc < 1:278221/150‑1 (MQ=255) aaagcggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 2:2404190/6‑150 (MQ=255) aaagcggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 1:383821/6‑150 (MQ=255) agcggggccg‑CCATG‑CGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTg < 1:1809191‑M2/119‑2 (MQ=255) agcggggccg‑CCATG‑CGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTg > 2:1809191‑M2/4‑121 (MQ=255) gggggCCG‑C‑ATGGGGACCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg < 1:127205‑M1/126‑40 (MQ=255) gggggCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg > 2:127205‑M1/1‑87 (MQ=255) ggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCAATTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGcc < 2:1262488/101‑1 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTggtcagc > 2:405931‑M2/1‑118 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCAcc > 1:405931/1‑125 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCAATTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGcc > 1:1262488/1‑101 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg > 2:1675612‑M1/1‑83 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg < 1:1675612‑M1/122‑40 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 1:667238/1‑150 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 1:860248/1‑150 (MQ=255) g‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTgg < 2:1817341/150‑1 (MQ=255) gtGGCTGCCCTGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCTCCGTCTGGCCCAGCGTCGATGTCACCGTGACCGCCTCTGGCGTGGACGGGCCAAAGCCGGTTGTGGGCACCGCTACCCTCCAACGTGCCCCCGTAGGCGTGGCa < 2:738958/149‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCa > 1:1193455/1‑150 (MQ=255) | CCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCA > NC_002947/3610165‑3610460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |