| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,926,153 | Δ1 bp | 7.9% | coding (382/1629 nt) | peaA ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,926,153 | 0 | A | . | 7.9% | 280.0 / 16.6 | 89 | coding (382/1629 nt) | peaA | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/45); new base . (3/4); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
GGCCAAGGTGGAAGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGC > NC_002947/3926006‑3926301 | ggCCAAGGTGGAAGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAgc < 1:1789380/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGTGGAAGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAgcg > 2:1365243/1‑150 (MQ=255) aaGGTGGAAGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑Ac < 2:1927457/150‑1 (MQ=255) aGTGGACCAGGTGTTCCCAGCCTTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGT‑GCGCTACGCCAtgga < 2:1344806/150‑4 (MQ=255) aGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGT‑GCGCTACGCCAtgga < 1:585993/150‑4 (MQ=255) aGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCAATGGCGT‑GCGCTACGCCAtgga < 2:2213502/150‑4 (MQ=255) ggACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGttt < 2:1632614/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGc < 1:669585/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGc < 2:1071224/150‑1 (MQ=255) aGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTg < 1:2230038/150‑1 (MQ=255) ggTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCg < 1:718044/140‑1 (MQ=255) ggTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCg > 2:718044/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTgg < 2:1103841/150‑1 (MQ=255) tCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTGGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGcc < 1:1355925/150‑1 (MQ=255) ccACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAg > 1:1576496/1‑150 (MQ=255) ccACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAg > 1:779498/1‑150 (MQ=255) ccACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGAGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAg > 1:487920/1‑150 (MQ=255) tCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTTCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGccc > 2:694871/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTg < 2:2005213/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTg > 2:1184798/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTg > 1:773162/1‑150 (MQ=255) ttcgCCGGGCGCCGTTCCAAGGCGACACGCGCACCCGAGTGGCACCGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACACTATTGCGCACATACGCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTCGGCGCCAGGCCCTGt < 2:338538/147‑1 (MQ=255) ttGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGgc < 2:2174775/138‑1 (MQ=255) ttGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGgc > 1:2174775/1‑138 (MQ=255) ttGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGt < 2:779498/150‑1 (MQ=255) ttGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGt > 2:2064419/1‑150 (MQ=255) ggCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGttt > 1:1600893/1‑150 (MQ=255) cGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTc < 1:2214221/150‑1 (MQ=255) 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tGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACACTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTAt < 2:1344968/150‑1 (MQ=255) aaGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTg > 2:885308/1‑150 (MQ=255) aGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGa < 2:1857020/150‑1 (MQ=255) acacGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGc < 1:1446704/150‑1 (MQ=255) acGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCTAGGTATTTGACCAGCGt < 1:694871/150‑1 (MQ=255) 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cTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGAt < 1:2089003/150‑1 (MQ=255) tCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATg < 1:2103063/150‑1 (MQ=255) cGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGc > 2:2176788/1‑150 (MQ=255) cGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGc > 1:1369844/1‑150 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGAt > 2:1427346/1‑147 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGAt < 1:1427346/147‑1 (MQ=255) gACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCt > 1:2025598/1‑150 (MQ=255) gTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCtcatc < 2:1369844/150‑1 (MQ=255) tATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCtcatca < 1:2176788/150‑1 (MQ=255) aGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATcagccag < 2:789792/150‑1 (MQ=255) gCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCg < 1:110894/150‑1 (MQ=255) cgaTGGCGT‑GCGCTACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGGCAGGGATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGgtg > 2:973463/3‑150 (MQ=255) cgaTGGCGT‑GCGCTACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGAtc < 2:1415866/80‑1 (MQ=255) cgaTGGCGT‑GCGCTACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGAtc > 1:1415866/3‑82 (MQ=255) gaTGGCGT‑GCGCTACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGgtgt > 1:1414405/2‑150 (MQ=255) cATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCAt < 2:1095090/117‑1 (MQ=255) cATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCAt > 1:1095090/1‑117 (MQ=255) tAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTgcgc < 2:364738/150‑1 (MQ=255) | GGCCAAGGTGGAAGTGGACCAGGTGTTCCCACTCCTTGGCCGGGCGCCGTTGCAAGGCGACACGGGCACCCGAGTGGCAACGGCCACAGGTCTCGCTGAGCTGGGTGTCGAAGTGCTCGACAGTATTGAGCCGACGCTCCATGGCGTAGCGC‑ACGCCATCGGTTTCGCTGGGCGCCAGGCCCTGTTTGTCGGCCAGGTATTTGACCAGCGTGCGACGATCGTCGTCGCTGATCTGAAGGCCATGCATCACCTGCATGCGGGCGATGCTCATCAGCCAGCCTTCCGGTGTCTTGCGC > NC_002947/3926006‑3926301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |