Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,344,538 | Δ1 bp | 6.3% | intergenic (+65/‑113) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,538 | 0 | A | . | 6.3% | 380.9 / 19.4 | 127 | intergenic (+65/‑113) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/58); new base . (5/3); total (66/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5344390‑5344686 | ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAAGCAACGCGTTACCTCGTAGGAg > 1:391231/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCg < 1:2096487/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:928134/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:2080508/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:2059741/150‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTGTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:1563741/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGATGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:2148671/150‑1 (MQ=255) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 2:570008/1‑150 (MQ=255) 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aaCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAt > 2:2298430/1‑102 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCACCGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:825415/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAc < 1:1003356/126‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAGCGCGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCGTGACA‑CGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 1:1956294/150‑1 (MQ=38) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGt < 1:1262758/89‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:2118415/1‑144 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc < 1:2118415/144‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGCCCGGCCCAGATTG‑AACACCGCTCCCAGGTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCCTCCACGCTTACAAGAGCGGGACGACCCGCCATGTTc > 1:1075818/1‑150 (MQ=255) gctccTACGAGGTAACGCGTGGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATCGCTGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:1042963/147‑1 (MQ=25) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAg > 2:14825/1‑107 (MQ=255) cTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGata > 2:1205135/1‑150 (MQ=255) tacgaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:1802206/146‑1 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACCAGGTTG‑AACACCGCTACAAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTAGCAGTACATTCCCACTTACAAGAGCACGAGCACCCGCCATGTTCGatat > 2:776578/1‑150 (MQ=38) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:258716/150‑1 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:1597018/150‑1 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2312740/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 1:1870428/91‑1 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa > 2:1870428/1‑91 (MQ=255) cgcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAc < 1:1967816/150‑1 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAccccc > 1:836132/1‑150 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGAACAACCGCCGTGTTGGATATCCGCAAATAccccc > 2:631751/1‑150 (MQ=255) ccTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAgg > 1:1510840/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:352421/71‑1 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc > 1:352421/1‑71 (MQ=255) | TTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5344390‑5344686 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |