| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,687,678 | Δ1 bp | 5.4% | coding (1344/2061 nt) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,687,678 | 0 | C | . | 5.4% | 356.3 / 13.9 | 112 | coding (1344/2061 nt) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/51); new base . (2/4); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAGGTC > NC_002947/5687531‑5687827 | cTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑tcgactc < 1:1888814/150‑1 (MQ=255) ggTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCTGTCGAGTCGA‑TCGAcctg < 2:398792/150‑3 (MQ=255) ggTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCAt < 1:1235837/150‑1 (MQ=255) 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gcgAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGa < 2:1920060/150‑1 (MQ=255) gcgAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGa < 1:2019109/150‑1 (MQ=255) gcgAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGa > 1:382055/1‑150 (MQ=255) gAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAgg < 2:917203/150‑1 (MQ=255) aaTGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGc > 2:2342927/1‑150 (MQ=255) 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gCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACctgcactgca < 2:1853962/150‑1 (MQ=255) cgcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg < 2:1176367/150‑1 (MQ=255) cgcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg < 1:2345303/150‑1 (MQ=255) gcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCt < 1:433118/56‑1 (MQ=255) gcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCt > 2:433118/1‑56 (MQ=255) gcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTgg > 1:2005777/1‑150 (MQ=255) gcCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTgg > 1:688384/1‑150 (MQ=255) ccGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGt < 2:1501238/150‑1 (MQ=255) cGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGTCCAGTTTGTGCGCATTGTTCGTCGTGTCCTTCACTTTGACGGCGACCTGCACTGCACTGTGGtt > 2:1109330/1‑150 (MQ=255) cGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACctgcact > 1:1428274/1‑139 (MQ=255) ggTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCCGTGTTCTGCGTGTCCTACAGCGCGTGGGCGACCGTCACTGCACGGTGGTTGAtggtgg < 2:1835452/150‑1 (MQ=255) cga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGa < 1:385366/150‑1 (MQ=255) ga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg > 1:861818/1‑135 (MQ=255) ga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg < 2:861818/135‑1 (MQ=255) a‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGAcc > 1:1743869/1‑150 (MQ=255) cgactcgacCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGCCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAg < 1:1640401/150‑1 (MQ=255) actcgacCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCCGTGTTCAGGATCGCCAGCACGGCGGAGGCCGCCGGCACTGCACTGTGGTTGATGGTCGCGACCAggg > 2:1771168/1‑149 (MQ=255) actcgacCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAg > 1:87485/1‑148 (MQ=255) actcgacCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAg < 2:87485/148‑1 (MQ=255) ctcgacCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTTGCTTATCTGTGCAGCCTGGTGCTCTGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAGGTc < 2:1150182/150‑1 (MQ=255) | CTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACCAGGTC > NC_002947/5687531‑5687827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |