| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,726,865 | Δ1 bp | 14.6% | coding (157/2574 nt) | opgH ← | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,726,865 | 0 | C | . | 14.6% | 271.6 / 44.5 | 96 | coding (157/2574 nt) | opgH | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/39); new base . (7/7); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
CGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTGCGCTTGAGT > NC_002947/5726717‑5727014 | cgcCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACg < 1:2313477/150‑1 (MQ=255) gcCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACgg > 2:1708685/1‑150 (MQ=255) ccATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGc > 2:2354640/1‑150 (MQ=255) aTGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGc > 2:219160/1‑148 (MQ=255) aTGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGc < 1:219160/148‑1 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGTTCTTGAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCa > 1:194102/1‑150 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCCGTGCA‑GGCCTCggtg < 2:318530/150‑3 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCa > 1:90051/1‑150 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCa > 2:1325451/1‑150 (MQ=255) cGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCCGTGCA‑GGCCTCggtgg < 1:580247/150‑4 (MQ=255) cGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCGCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCCGTGCA‑GGCCTCggtgg < 1:16184/150‑4 (MQ=255) gCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGc > 2:1793931/1‑150 (MQ=255) gACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATATTAAGGCCCAATCGGCCGCTACCGTCGTCACTTAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTggc > 2:84053/1‑150 (MQ=255) gTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCggg < 1:445333/150‑1 (MQ=255) gCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGtt < 2:1391582/150‑1 (MQ=255) tttGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTNGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCACAAGTGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCCGGCCGACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGGTgac > 1:162735/1‑148 (MQ=255) tttGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGgc < 2:90051/150‑1 (MQ=255) tttGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGgc < 2:206404/150‑1 (MQ=255) 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tctgccGAGGCCGTGCA‑GGCCTCGGTAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTcc > 1:2103889/5‑150 (MQ=255) tctgccGAGGCCGTGCA‑GGCCTCGGGAGTATTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTcc > 1:1873386/5‑150 (MQ=255) tctgccGAGGCCGTGCA‑GGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTcc > 2:134898/5‑150 (MQ=255) cccACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTcc > 1:1271892/1‑150 (MQ=255) ccACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCGCAGTGGGATGTGTGGGAGGTGCGCGCCAAGCGATTcag > 2:632926/1‑148 (MQ=255) 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cGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTGCGCTTGAGt < 1:799931/150‑1 (MQ=255) | CGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTGCGCTTGAGT > NC_002947/5726717‑5727014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |