| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 564,385 | Δ1 bp | 13.8% | intergenic (+34/‑139) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 564,385 | 0 | T | . | 13.8% | 319.7 / 46.8 | 109 | intergenic (+34/‑139) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/54); new base . (6/9); total (46/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAA > NC_002947/564240‑564531 | cggcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGccc < 1:1246221/150‑1 (MQ=255) ggcTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCg < 2:832553/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtt < 2:725428/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtt < 1:2051761/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGGCGACGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttt > 1:62894/1‑150 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 1:639581/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 1:639456/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGttttct < 1:2278934/150‑3 (MQ=255) gcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta < 1:710038/150‑2 (MQ=255) cTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATAc < 1:1466007/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACa > 1:1958057/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACAt < 2:1012571/150‑1 (MQ=255) gTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTa > 2:2113232/1‑150 (MQ=255) gTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGtt < 1:1362708/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGtt > 2:1362708/1‑150 (MQ=255) tttCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGttt < 1:1635591/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGTTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGA‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAtttt > 1:1600402/1‑149 (MQ=255) cgcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCt < 2:1958057/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTa < 2:1864136/150‑1 (MQ=255) cTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAt < 2:1336902/150‑1 (MQ=255) cTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGACAGCTACCGTGCGCGGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAt < 2:62894/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtttt < 2:1515124/116‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtttt > 1:1515124/1‑116 (MQ=255) aCAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGTGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGt < 1:2102793/150‑1 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CGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAA > NC_002947/564240‑564531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |