| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 612,733 | Δ1 bp | 7.6% | coding (1452/1896 nt) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 612,733 | 0 | A | . | 7.6% | 411.9 / 25.1 | 132 | coding (1452/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/60); new base . (4/6); total (66/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGG > NC_002947/612585‑612880 | cGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCAc > 1:1424910/1‑150 (MQ=255) ttGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCAcgc < 2:1424910/150‑1 (MQ=255) tCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGt > 1:522788/1‑150 (MQ=255) tGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTAc < 2:1515268/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTAcc > 2:1357061/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCg > 1:1419950/1‑150 (MQ=255) tCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACC‑CGCGTGGTACCgg < 1:250265/150‑2 (MQ=255) gCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACa > 1:1427904/1‑150 (MQ=255) ccACTTGCATGTCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAg < 2:105785/150‑1 (MQ=255) cACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGc > 2:26599/1‑150 (MQ=255) aCTCGCATTGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGTGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCGGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCg < 1:2014226/150‑1 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGCTCTCCAGTCTTTGCAGGTCTCCGCTGAGCGGCGCGTTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccgg < 1:658500/150‑1 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccgg > 1:1146522/1‑150 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAACggcccg < 2:1419950/150‑3 (MQ=255) aTGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccggg > 2:1065529/1‑150 (MQ=255) aTGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccggg > 1:323955/1‑150 (MQ=255) gCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTCCCACTCG‑GGTACCGTACAGCggccgggccg < 1:1642640/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCAGTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt < 2:416130/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt > 1:437600/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTg > 2:2050785/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACa < 1:597524/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAACGGCCCGGCCGCTGTAcg < 1:415068/150‑2 (MQ=255) ccAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCAC‑TTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAg > 1:1785025/1‑150 (MQ=255) cAGTTGTCCGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGTCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCACGTCTCCCCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAg < 1:1390105/150‑1 (MQ=255) gTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGt < 1:1411174/150‑1 (MQ=255) gTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGt > 2:1101333/1‑150 (MQ=255) ttGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTg < 2:1146522/150‑1 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGGCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGCTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGAACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGcc > 2:2198449/1‑150 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGcc > 1:2348494/1‑150 (MQ=255) gCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGt > 1:1518289/1‑150 (MQ=255) cGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGc > 1:1191368/1‑150 (MQ=255) gAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTa < 2:1424085/116‑1 (MQ=255) cacCAGGAGTGCCAGTTTTTCGGCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGACCTCCAGTGGTTGCATGTCTGCGCTGATCGGGGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAg < 2:1118654/150‑1 (MQ=255) 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agGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTg < 1:694236/150‑1 (MQ=255) ccACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGGGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCa > 2:618457/1‑150 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTg > 1:792282/1‑133 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTg < 2:792282/133‑1 (MQ=255) cACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAg > 2:2213202/1‑150 (MQ=255) tttttCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAgttc > 1:1654523/1‑150 (MQ=255) cGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTtct < 1:1065529/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTtctc < 1:2166988/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCtcgtc < 1:26599/150‑1 (MQ=255) ggcggcGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGc < 2:1498994/150‑1 (MQ=255) gcggcgGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCt < 2:366393/150‑1 (MQ=255) cggcggACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTg < 1:1514948/150‑1 (MQ=255) ggcggACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTgg > 2:733006/1‑150 (MQ=255) cggACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTgggg < 1:960415/150‑1 (MQ=255) ccACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTAc < 1:2118050/98‑1 (MQ=255) cACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGtcat > 1:108699/1‑150 (MQ=255) cACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGtcat > 2:2275004/1‑150 (MQ=255) cACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACC‑CGCGTGGTACCgg < 1:1570145/76‑2 (MQ=255) cACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACC‑CGCGTGGTACCgg > 2:1570145/1‑75 (MQ=255) gCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggc > 1:2390663/1‑81 (MQ=255) gCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggc < 2:2390663/81‑1 (MQ=255) ccTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa > 2:1772341/1‑150 (MQ=255) ttGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGATCTCCTCGGAGCGGCGCTTTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCCGCCGGGAAGTTGTAAAGATGGCCGTGGAATAGCATTTAACGCAGGTCGTTCTTGTCGCTGGGGGTCATCACCAGc > 2:2329881/1‑150 (MQ=255) 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caggTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGAGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGCTGTACAGGGGGCCGGTGCTGAGCATGTTGCGCAGTTCATTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGc > 2:1761900/3‑150 (MQ=255) tGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCa > 1:1937469/1‑150 (MQ=255) tGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGc > 2:564037/1‑132 (MQ=255) tGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGc < 1:564037/132‑1 (MQ=255) gCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTGCCGTACAGCGGCCGGTCCGTTGTACAGGTACCACGTCCTGAGTCTAGGTCGCGTTCCGGGCGCGGCGGTTGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCa < 1:44939/150‑1 (MQ=255) aGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAgg > 1:1433968/1‑150 (MQ=255) tctcCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTAc < 1:921249/150‑1 (MQ=255) tcCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGa > 2:1701942/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGAGCCCTTGTACTGGTGGCCGGTGGTTAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAg > 1:903072/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGc > 1:1795814/1‑150 (MQ=255) gcATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCAc > 1:1495238/1‑107 (MQ=255) gcATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCAc < 2:1495238/107‑1 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa > 2:1557284/5‑103 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTAAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa < 1:354066/99‑1 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTAAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa > 2:354066/5‑103 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGTCTGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCg > 1:803952/1‑150 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTg > 1:1094107/1‑144 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTg < 2:1094107/144‑1 (MQ=255) gCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTg < 1:1772341/150‑1 (MQ=255) ccGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTgg < 1:2140395/150‑1 (MQ=255) cGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGa < 1:1141574/57‑1 (MQ=37) cGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGa > 2:1141574/1‑57 (MQ=37) gTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTc > 2:1372062/1‑150 (MQ=255) gTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTc > 2:76797/1‑150 (MQ=255) ccACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCggg > 2:1210896/1‑150 (MQ=255) | CGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGG > NC_002947/612585‑612880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |