| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 684,844 | Δ1 bp | 5.1% | coding (1406/2400 nt) | cadA‑II ← | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 684,844 | 0 | T | . | 5.1% | 388.5 / 12.5 | 118 | coding (1406/2400 nt) | cadA‑II | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/59); new base . (2/4); total (55/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AGGGCGCCGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCCCAGCCAGCCACCAG > NC_002947/684697‑684993 | aGGGCGCCGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTg < 2:2302056/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGAt > 1:721586/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGa < 1:1648508/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAAACAACTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGa > 2:1417674/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCC‑TGATCAAGGATg < 1:1379157/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGcc < 1:2151396/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCg < 2:1815939/150‑1 (MQ=255) gCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTACGGCATCC‑TGATCAAGGATGCCgaa < 1:595057/150‑3 (MQ=255) cGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTgg < 2:227003/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGgcggcg > 1:1319050/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGAc > 1:920087/1‑150 (MQ=255) cgcTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGAccc < 1:732333/150‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTggcgggcg < 1:1242623/140‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTggcgggcg > 2:1242623/1‑140 (MQ=255) tGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCC‑TGATCAAGGATGCCga < 1:2254962/132‑2 (MQ=255) ttGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTa > 1:235672/1‑150 (MQ=255) cGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCgg > 2:733268/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGc > 1:1413387/1‑150 (MQ=255) 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ggTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCTCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGa < 1:654218/150‑1 (MQ=255) ttGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATc < 2:235672/150‑1 (MQ=255) aCCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAgc > 1:1445235/1‑150 (MQ=255) aCCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAgc < 1:2086730/150‑1 (MQ=255) gCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCCCGGCGGGCGTGGCCCGGCCGGGGGCGCAGGCGCGAGCGCTGATCATCACCGCGACGGCGTTAGTCAGcgcg > 2:1396580/1‑150 (MQ=255) ataggCACGCTCCTTGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGt < 2:139142/147‑1 (MQ=255) aCGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGa > 1:1190802/1‑110 (MQ=255) aCGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGGACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGa < 2:1190802/110‑1 (MQ=255) cGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTAACA‑AGAATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGc < 1:377/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCacggcgacg < 2:1283529/123‑1 (MQ=255) gCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCcca < 2:1856951/150‑1 (MQ=255) ttCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagc > 1:1952239/1‑150 (MQ=255) ttCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGATATGTCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagc > 1:738241/1‑150 (MQ=255) ttCGGCATCCTTGAGC‑AGGAGGCCGTGGCGGGCGGCGGCCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagc > 2:2293283/1‑150 (MQ=255) cGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagcca < 2:2247998/150‑1 (MQ=255) cGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagcca < 1:948840/150‑1 (MQ=255) cGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagcca < 1:455262/150‑1 (MQ=255) cGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCccagcca < 2:842376/150‑1 (MQ=255) cATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGAt > 2:2163704/1‑94 (MQ=255) cATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGAt < 1:2163704/94‑1 (MQ=255) cccTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCCCAGccagccac < 1:1494213/149‑1 (MQ=255) cTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAgc < 2:1430054/118‑1 (MQ=255) cTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAgc > 1:1430054/1‑118 (MQ=255) cTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTACCGCGGTACCACAGccagacacca > 1:1698908/1‑150 (MQ=255) ttGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCCCAGccagccaccag > 1:584916/1‑150 (MQ=255) | AGGGCGCCGGCCAGGCGGTAAAGGTCGGCGCTGTTGCCGTCCAGCGCCTGGCTGTGAACCACCTGCGGGCTGCCGGAGGTGAGGGTGCCGGTTTTGTCGAACACTACGCGGTTGACCGCATGGGCACGCTCCAGGGCTTCGGCATCCTTGATC‑AGGATGCCGTGGCGGGCGGCGACCCCGGTACCGGCCATGATCGCGGCGGGCGTGGCCAGGCCGAGGGCGCAGGGGCAGGCGATGACCAGCACGGCGACGGCGTTGATCAGCGCGGTTTCCAGCGGTACCCCAGCCAGCCACCAG > NC_002947/684697‑684993 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |