| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,184,543 | Δ1 bp | 5.6% | intergenic (‑153/‑259) | mltF ← / → purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,184,543 | 0 | C | . | 5.6% | 226.4 / 7.5 | 72 | intergenic (‑153/‑259) | mltF/purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/34); new base . (2/2); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
TACGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGA > NC_002947/1184402‑1184690 | taCGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATAGAGCGCCGCCAGGTGTc > 1:2053485/1‑150 (MQ=255) cGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCg < 2:2036547/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg > 2:410575/1‑142 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg < 1:410575/142‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGgt > 1:977971/1‑144 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGgt < 2:977971/144‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGGCCGc > 1:510085/1‑150 (MQ=255) aaGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCtt > 2:1684532/1‑150 (MQ=255) ggACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTaa < 1:1482430/150‑1 (MQ=255) 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aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGa > 1:1578981/1‑150 (MQ=255) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGGCTCGACACATTCTGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTcata < 2:1956008/126‑3 (MQ=11) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGGCTCGACACATTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTcata > 1:1956008/1‑124 (MQ=11) aGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGgcgc > 1:975286/1‑113 (MQ=255) aGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGgcgc < 2:975286/113‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCt < 1:2061427/150‑1 (MQ=255) aGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGgcgc > 1:1183584/1‑150 (MQ=255) aGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGgcgc > 1:119740/1‑150 (MQ=255) gTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGCGATCGTGTCGCGCAAGCTGTCCGCGTTAAGATATTCAGCGCGTATCGGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTc < 1:2341238/150‑1 (MQ=37) cGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGcc > 1:1310212/1‑128 (MQ=255) cGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGcc < 2:1310212/128‑1 (MQ=255) ggCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGAtctc > 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gcgcCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGAcc < 1:1972810/150‑1 (MQ=255) cgccAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGa > 1:1364968/1‑150 (MQ=255) | TACGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGA > NC_002947/1184402‑1184690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |