| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,698,852 | Δ1 bp | 5.9% | coding (558/1014 nt) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,852 | 0 | G | . | 5.9% | 427.7 / 20.5 | 135 | coding (558/1014 nt) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/64); new base . (4/4); total (67/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAA > NC_002947/1698703‑1699001 | gCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAg < 2:1085023/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAt > 1:1019358/1‑150 (MQ=255) gCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAt < 2:2129520/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGACCAGCacgat < 1:1527003/150‑5 (MQ=255) ggTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg‑tg > 1:1578070/1‑149 (MQ=255) ggTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg‑tg < 2:1578070/149‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGAc < 1:60438/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGAc < 2:133237/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGAc < 2:1385560/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCa < 2:2163981/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGGATG‑TGGACCAg > 2:988752/1‑150 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAg < 2:1607716/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAg < 2:1045788/150‑1 (MQ=255) 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gCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGttt < 1:2259490/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGGCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGc > 1:1949780/1‑150 (MQ=255) gcggcgcGAGGCTTCCCAGCTCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGc < 1:734652/147‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGc > 1:2317062/1‑150 (MQ=255) gcgAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGGGGCCCGGCAGCACTCGAAGTACTGCTCAAGGGTTTGCCTGCAGCGCTTCCGGCAGCCATCGTGCTCGTCCAGCATG‑TGGACCAGGCGTTTGCGGCAgtag > 2:1048951/1‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |