| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,510,295:1 | +A | 7.2% | coding (1479/1725 nt) | copA‑I ← | copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,510,295 | 1 | . | A | 7.2% | 376.2 / 21.0 | 97 | coding (1479/1725 nt) | copA‑I | copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (53/37); new base A (2/5); total (55/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTGCGCAGGT > NC_002947/2510152‑2510443 | gTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCg > 1:682477/1‑150 (MQ=255)gTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCg > 1:1555808/1‑150 (MQ=255) cGTCGGCTGCCGGGCGGGATCTCGACGGTGTGCTTGCGCCCCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAg < 2:2200019/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGAACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCACTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTTTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGc > 2:277948/1‑150 (MQ=255) cgggATATCGACGGTGTGCTTGTGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCgg > 1:464109/1‑150 (MQ=255) gATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTc < 2:20310/150‑1 (MQ=255) atCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGc < 2:1840522/150‑1 (MQ=255) atCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGc > 1:565402/1‑150 (MQ=255) tgtgCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGa < 2:361363/150‑1 (MQ=255) tgtgCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGa > 1:361363/1‑150 (MQ=255) gtgCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGACGCTGaa > 1:34235/1‑150 (MQ=255) tgCTTGCGCACTAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAAc < 1:1309267/150‑1 (MQ=255) gCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACt < 2:565402/150‑1 (MQ=255) tGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGa < 2:2228118/150‑1 (MQ=255) gcACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACAACAGGACAGCTGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGc > 2:1171149/1‑150 (MQ=38) aCCAGGAACTGGCCATTCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCg > 2:599338/1‑150 (MQ=255) aCCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCg > 1:801282/1‑150 (MQ=255) cAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAg > 2:1849340/1‑109 (MQ=255) cAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAg < 1:1849340/109‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCGCGGTGGCACGCGATGGCGGGCGACCGt > 1:1963718/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 2:897251/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc < 1:58703/150‑1 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTcc > 1:1631589/1‑150 (MQ=255) tCGTTGACCAGGGTGATCCGCACGGGG‑TCACTGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGGCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGGCCGTcc < 2:2196989/150‑1 (MQ=255) gTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGA‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGAGGTTGGGCGTGGCGGAACTTGATGCCGTAGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTAAGGTGCAGCTCGATGTCCCGCGATGGCGGGCGACCGACCgg > 1:359090/1‑150 (MQ=255) ctacGGTGA‑GCGCTTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 2:93284‑M1/146‑1 (MQ=255) ctacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 1:590042‑M1/146‑1 (MQ=255) ccAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 1:751256/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCgg < 2:963665/150‑1 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAg > 2:763385‑M1/4‑79 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAg < 1:763385‑M1/76‑1 (MQ=255) tacGGTGA‑GCGCGTGCGCATCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:462075‑M1/147‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCTTTTAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 1:1869218/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa > 1:26598/1‑136 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGa < 2:26598/136‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg < 2:1636004/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCggg > 2:146464/1‑150 (MQ=255) gggTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGt < 1:599338/150‑1 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt > 1:915787‑M1/1‑60 (MQ=255) GGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGAt < 2:915787‑M1/60‑1 (MQ=255) TGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAgg > 2:1631589‑M1/1‑150 (MQ=255) cgcACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTg > 2:716792/1‑150 (MQ=255) cgcgC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAggg > 2:203496/1‑142 (MQ=255) cgcgC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAggg < 1:203496/142‑1 (MQ=255) gcgc‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTAGCTGAACCTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTGAGTGGGAGTTGGAGGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTGCGCAg > 1:1253357/1‑150 (MQ=255) gc‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTGCGCAGGt > 1:857646/1‑150 (MQ=255) | GTGCGTCGGCTGCCGGGCGGGATATCGACGGTGTGCTTGCGCACCAGGAACTGGCCATGCTCGTCTTCCAGGTCGCTCCACATGCCGTGCAGGTGGATGGGGTGGGTCATCATGGTGTCGTTGACCAGGGTGATGCGCACGCGC‑TCACCGTAGGTCAGCCGCAGCGGTTCGGCGTCGCTGAACTTGATGCCGTCGAACGACCAGGCGAAGCGCTCCATATGGCCGGTCAGGTGCAGCTCGATGTCACGCGATGGCGGGCGACCGTCCGGGTCGGGGTAGGGGCTGCGCAGGT > NC_002947/2510152‑2510443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |