| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,719,306:1 | +T | 7.3% | coding (390/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,719,306 | 1 | . | T | 7.3% | 489.6 / 31.1 | 124 | coding (390/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (62/53); new base T (4/5); total (66/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGCG > NC_002947/2719160‑2719454 | gACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATggc‑ggc > 1:270789/1‑150 (MQ=255) aCTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGcc > 1:1028521/1‑150 (MQ=255) aCGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACACCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCAGGGC‑GGCCAgg < 1:2256254/150‑1 (MQ=255) 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ccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTTCTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggt < 1:1284052/150‑1 (MQ=255) ccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggt < 2:1560605/150‑1 (MQ=255) cgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtggtg < 2:2311980/150‑1 (MQ=255) aTGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGAc < 1:1194786/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCg > 2:1438883/1‑150 (MQ=255) 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ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCa < 2:2388064/70‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGa < 1:1370717/106‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGa > 2:1370717/1‑106 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGCGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAgc > 1:354198/4‑131 (MQ=255) tcaccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGCGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAgc < 2:354198/128‑1 (MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTcc > 2:299323/1‑150 (MQ=255) cTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCg > 2:1199833/1‑150 (MQ=255) cTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCg > 1:1574368/1‑150 (MQ=255) cTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGcc > 1:1317473/1‑57 (MQ=25) cTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGcc < 2:1317473/57‑1 (MQ=25) ggCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGa < 1:1012658/150‑1 (MQ=255) cagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACACTGCTCGACCGTCTTccaaagcc > 2:2316314/1‑144 (MQ=255) agccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGACACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTg > 1:331101/1‑150 (MQ=255) ccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGaa > 2:1135963/1‑150 (MQ=255) ccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGaa > 1:330707/1‑150 (MQ=255) ccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGaa < 1:288945/150‑1 (MQ=255) caTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAg < 2:2303716/150‑1 (MQ=255) caTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAg < 2:30677/150‑1 (MQ=255) aTGGC‑GGCCAGGTGGGCCCGGTGGACTTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGCTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCGCGAGCGTATTCCGGAGCCGACgg > 2:506918/1‑150 (MQ=255) aTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGCCTGCCAGGGTTGCGGCCCGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGGATCGAGCGCGCCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAgg > 1:406263/1‑150 (MQ=255) ggc‑ggcCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGc < 1:1559221/150‑1 (MQ=255) gc‑ggcCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGCg > 1:2362794/1‑150 (MQ=255) | GACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGCG > NC_002947/2719160‑2719454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |