| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,030,398:1 | +C | 5.0% | intergenic (+355/‑339) | pcaY → / → mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,030,398 | 1 | . | C | 5.0% | 504.6 / 17.9 | 119 | intergenic (+355/‑339) | pcaY/mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (56/57); new base C (2/4); total (58/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACCGGTCCCGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTA > NC_002947/3030250‑3030546 | acCGGTCCCGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑c > 1:576871/1‑150 (MQ=255) gTCCCGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑Ca < 2:1520635/147‑1 (MQ=255) gTCCCGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑Ca > 1:1520635/1‑147 (MQ=255) 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1:1178510/1‑89 (MQ=255) tCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCaa < 2:1178510/89‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCaa > 2:2342533/1‑86 (MQ=255) ccAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCaa < 1:2342533/86‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaa > 2:2206935/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGc < 1:1731848/120‑1 (MQ=255) aGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAg > 2:930344/1‑150 (MQ=255) tGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGatat < 2:1701984/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGaa < 2:904674/150‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACg < 1:1054195/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACgg > 2:238483/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGt > 1:1927443/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGt > 2:2084051/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑‑CCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTAt < 2:556983/150‑1 (MQ=255) gccgcGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGaa < 1:322092/142‑1 (MQ=255) gccgcGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAAc < 1:863522/143‑1 (MQ=255) cgcgG‑CCGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCCCGATCTAAAAGAACCTGAAACCG‑TG‑TTGGTGCTGGCGGTGCGTCATGCACGCTTGAGCACCCGAACTTCTCACTGAAGAAAAGATATTGAACGGTATCttt < 1:551834/150‑1 (MQ=255) gcgG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTtctc > 1:1278288/1‑119 (MQ=255) gcgG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTtctc < 2:1278288/119‑1 (MQ=255) gg‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTg > 1:2255908/1‑135 (MQ=255) | ACCGGTCCCGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTGCCTTGCGCCGCGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCA‑CCAGCA‑CCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTA > NC_002947/3030250‑3030546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |