| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,057,001 | 1 | . | A | 8.3% | 446.4 / 36.5 | 120 | coding (390/990 nt) | PP_2669 | outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (57/53); new base A (3/7); total (60/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TCGGCCAGGGTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCACCCGGTCC > NC_002947/3056852‑3057148 | tCGGCCAGGGTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGAC‑Ggtg > 1:1206228/1‑150 (MQ=255) ccAGGGGCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGATTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGa < 2:701701/150‑1 (MQ=255) ggTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCAc < 2:1206228/150‑1 (MQ=255) 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gAGCACCTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTc < 1:1700301/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGatacata > 2:1600696/1‑58 (MQ=255) ccTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGatacata < 1:1600696/58‑1 (MQ=255) cTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCAc > 2:916609/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCAc < 1:2318615/150‑1 (MQ=255) cTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGGCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCAc > 1:1681515/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCAcc < 2:1020219/150‑1 (MQ=255) ggTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCAc > 1:1359577/1‑150 (MQ=255) ggTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCAACCAAACAGCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCAc > 1:1872444/1‑150 (MQ=255) gTGAC‑GGTGATCGA‑CACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCt < 1:1159917/112‑1 (MQ=255) gTGAC‑GGTGATCGA‑CACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCt > 2:1159917/1‑112 (MQ=255) gTGAC‑GGTGATCGA‑CACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCAcc > 2:211344/1‑150 (MQ=255) gAC‑GGTGATCGA‑CACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCACCCg < 1:211344/150‑1 (MQ=255) gAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCACCCg < 1:916609/150‑1 (MQ=255) gtg‑tCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCACCCGGTcc < 1:1339197/150‑1 (MQ=255) | TCGGCCAGGGTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGAC‑GGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATCACCTGCACCCGGTCC > NC_002947/3056852‑3057148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |