| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,400,798:1 | +C | 5.9% | coding (446/528 nt) | PP_3007 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,400,798 | 1 | . | C | 5.9% | 420.7 / 18.6 | 101 | coding (446/528 nt) | PP_3007 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (49/46); new base C (4/2); total (53/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATCCAGCCGGGGGGCTTGCCATCGAGCGTAGATCATCACTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCTGG > NC_002947/3400651‑3400935 | aTCCAGCCGGGGGGCTTGCCATCGAGCGTAGATCATCACTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑Ac < 2:2143071/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGGGGGGCTTGCCATCGAGCGTAGATCATCACTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACg > 1:1059185/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCGGGGGGCTTGCCATCGAGCGTAGATCATCACTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACg > 1:1535683/1‑150 (MQ=255) 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atcaCTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGa < 2:239609/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAg < 2:1059185/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCt > 2:599945/1‑150 (MQ=255) tAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAgg > 1:1850131/1‑128 (MQ=255) tAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAgg < 2:1850131/128‑1 (MQ=255) ggTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCa > 1:2311395/1‑150 (MQ=255) gTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCggg > 2:1755583/1‑116 (MQ=255) gTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGAggg < 1:1755583/116‑1 (MQ=255) gggTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATCGTCAGCCTGGTACTGGACGACCCGCCGGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGgc < 1:636813/150‑1 (MQ=255) gggTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGgcgc < 1:1380557/99‑1 (MQ=255) gggTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGgcgc > 2:1380557/1‑99 (MQ=255) ggTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGgcg > 1:2043573/1‑150 (MQ=255) 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tttGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGa < 1:622459/113‑1 (MQ=255) tttGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGa > 2:622459/1‑113 (MQ=255) ttGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGa < 2:1191428/112‑1 (MQ=255) ttGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGa > 1:1191428/1‑112 (MQ=255) ttCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTTCGCCGGTGCCACt > 2:610976/1‑150 (MQ=255) ctCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCCTCCAGCGTATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACt < 2:1269637/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGc < 1:1927067/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGc < 2:2071378/61‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGc > 1:2071378/1‑61 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAggg < 2:1540124/119‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAggg > 1:1540124/1‑119 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGcc > 2:842845/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCCGTGCAACGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTgag > 1:1269637/1‑148 (MQ=255) gcgcCGT‑CAGTCGACTGCACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCt < 2:513425/102‑1 (MQ=255) gcgcCGT‑CAGTCGACTGCACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCt > 1:513425/1‑102 (MQ=255) gcgcCGT‑CAGTCGACTGCACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGGCTTTGTCCGCGGGTGTCACTGCCa > 2:1943783/1‑150 (MQ=255) ccGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCt < 2:1416077/150‑1 (MQ=255) ccgtcAGTCGACTGCACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCt > 2:886434/5‑150 (MQ=255) cGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCTg > 2:2237919/1‑150 (MQ=255) gTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCTgg < 1:2237919/150‑1 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGc > 1:1612801/1‑91 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGc < 2:1612801/91‑1 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAg < 1:705647/107‑1 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAg > 2:705647/1‑107 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTccg < 1:865861/126‑1 (MQ=255) aGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTccg > 2:865861/1‑126 (MQ=255) gTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGc > 2:1152391/1‑90 (MQ=255) gTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGc < 1:1152391/90‑1 (MQ=255) | ATCCAGCCGGGGGGCTTGCCATCGAGCGTAGATCATCACTCGCAGGGCGTAGGGTCGGGTGCGTGTCACTTGGCTGTCCAGAACACATAGTCAGCCTGGTACTGGACGACCTGCCTGGCACCTTTGTTCTGCGCCGTGCAGTCGACTG‑ACGGCGCCACACCGCCGCGGGTAGCCAGGCGCTGGATATAGCTGACCCCCTGCATGGCGCCTTTGCCTTCGGCCGGGTTGGCCTTGACCAGTTGATAGGGGATGGCGCCTTTGTCCGCCGGTGCCACTGCCAGCTGG > NC_002947/3400651‑3400935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |