| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,610,309:1 | +C | 6.1% | intergenic (‑34/+22) | PP_3183 ← / ← mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,610,309 | 1 | . | C | 6.1% | 397.8 / 18.5 | 98 | intergenic (‑34/+22) | PP_3183/mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (55/37); new base C (3/3); total (58/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCCCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGG > NC_002947/3610163‑3610458 | ccccAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑At > 2:1705487/1‑150 (MQ=255)ccccAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑At > 1:380370/1‑150 (MQ=255) cccAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTAACAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCT‑C‑Att > 1:408973/1‑149 (MQ=255) ccAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATgg > 1:1131809/1‑150 (MQ=255) gggAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATggcgg > 2:1888713/1‑150 (MQ=255) ggAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATggcggc > 1:1032309/1‑150 (MQ=255) gagGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCC‑AT‑GCGGcccc < 1:2208741/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTA‑CACC‑‑GAATCGTTCTGAGCAGCCGGTCATGATTCGGTACTCGTAGGTTGGCTGATGCGTCGCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCt > 1:44278/1‑150 (MQ=255) gctgctTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTg > 1:1682198/1‑150 (MQ=255) gCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACtt > 1:2278523/1‑150 (MQ=255) cACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGt > 1:1817341/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt < 2:1998132/150‑1 (MQ=255) cgttcgttGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtg < 2:1342136/150‑1 (MQ=255) 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ggggTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGgc < 2:959947/150‑1 (MQ=255) gggTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCCGAGATTGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGCCTGgcg > 1:2331648/1‑150 (MQ=255) gTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCt < 2:1682198/150‑1 (MQ=255) gTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCt > 1:2204883/1‑150 (MQ=255) ttGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGTAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAt < 1:666154/137‑1 (MQ=255) 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cATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTgg < 1:1248521‑M2/150‑3 (MQ=255) tgCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCAcc > 2:514272/1‑150 (MQ=255) ggTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCt > 2:278221/1‑150 (MQ=255) ccTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAcc < 2:1319914/150‑1 (MQ=255) cTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAGGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAccc > 2:1782826/1‑150 (MQ=255) tCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGAt > 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aaagcggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 1:383821/6‑150 (MQ=255) aaagcggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 2:2404190/6‑150 (MQ=255) agcggggccg‑CCATG‑CGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTg < 1:1809191‑M2/119‑2 (MQ=255) agcggggccg‑CCATG‑CGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTg > 2:1809191‑M2/4‑121 (MQ=255) gggggCCG‑C‑ATGGGGACCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg < 1:127205‑M1/126‑40 (MQ=255) gggggCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg > 2:127205‑M1/1‑87 (MQ=255) ggggCCGCC‑AT‑GCGGCCCCGCTTTGCACTCAATTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGcc < 2:1262488/101‑1 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTggtcagc > 2:405931‑M2/1‑118 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCAcc > 1:405931/1‑125 (MQ=255) ggggCCG‑C‑CATGCGGCCCCGCTTTGCACTCAATTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGcc > 1:1262488/1‑101 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg > 2:1675612‑M1/1‑83 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCaccaccggctttggcccggccacgccagcgacggtcacg < 1:1675612‑M1/122‑40 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 1:860248/1‑150 (MQ=255) gCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 1:667238/1‑150 (MQ=255) g‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTgg < 2:1817341/150‑1 (MQ=255) | CCCCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCG‑‑C‑CATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑C‑ATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGG > NC_002947/3610163‑3610458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |