Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 344,048 | 1 | . | T | 6.3% | 449.7 / 22.3 | 111 | intergenic (+134/+55) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (55/49); new base T (3/4); total (58/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.89e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATTAAA > NC_002947/343910‑344194 | aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGtttttt < 1:1946327/150‑1 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGtttttt < 1:2313051/150‑1 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 2:977993/150‑1 (MQ=255) 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aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 2:2057433/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac < 1:2057433/149‑1 (MQ=255) aacaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTGCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgacga > 2:1132963/4‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACt < 1:1406566/132‑1 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACt > 2:1406566/1‑132 (MQ=255) aaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAg > 2:324735/1‑150 (MQ=255) aaacgggCACTAG‑GCGGGTTTCGGGTTGTCGCTTCGGGTAACTGTGCAACGCCCAGAAGCTTGAGGGTGGTGCCCAGAGACGGAGACGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGCGCTCTCTGGCCGACGAgg > 2:31023/7‑150 (MQ=255) cACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGa < 2:1616815/95‑1 (MQ=255) cACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGa > 1:1616815/1‑95 (MQ=255) cTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATTaaa < 2:1510983/150‑1 (MQ=255) | AGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATTAAA > NC_002947/343910‑344194 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |