| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 362,758:1 | +G | 6.1% | coding (728/966 nt) | lcdH ← | L‑carnitine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 362,758 | 1 | . | G | 6.1% | 402.4 / 18.2 | 99 | coding (728/966 nt) | lcdH | L‑carnitine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (47/46); new base G (4/2); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
CAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTCGAGCAGG > NC_002947/362612‑362907 | cAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGc > 1:884698/1‑150 (MQ=255) aTGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCg < 2:2102152/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCgg > 1:1077381/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCgg > 1:688197/1‑150 (MQ=255) tgcGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGccc > 2:511366/1‑149 (MQ=255) gcgcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAg < 2:113595/150‑1 (MQ=255) gcTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAggg > 1:1993537/1‑150 (MQ=255) cTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGt < 2:1104156/150‑1 (MQ=255) gCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCAGACGGCCAGGGtgta > 2:1339404/1‑150 (MQ=255) cctctttGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACCTCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAg < 2:2309158/145‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAgg > 1:1484148/1‑150 (MQ=255) cTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGt < 1:391392/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGt > 1:257312/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAAt > 1:1801112/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTCTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAAt < 2:1292133/150‑1 (MQ=255) cGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAAtg < 2:688197/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCa > 2:2187771/1‑150 (MQ=255) cTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAAc < 2:26771/150‑1 (MQ=255) 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ggTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCG‑ATGCCGGCATGCGCCa > 1:2047834/1‑88 (MQ=255) ggTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCG‑ATGCCGGCATGCGCCa < 2:2047834/88‑1 (MQ=255) gTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGa > 2:1887149/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGaa > 2:1573384/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAAGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGAGAGATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCCCCAAAGCGaa > 1:1977837/1‑150 (MQ=255) aGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCa < 2:1059863/91‑1 (MQ=255) aGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCa > 1:1059863/1‑91 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gCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAg > 2:1498980/1‑150 (MQ=255) gCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAg < 2:2293862/150‑1 (MQ=255) ccGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAgg < 1:951939/150‑1 (MQ=255) cGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCGGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGCCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGt > 1:415238/1‑150 (MQ=255) cGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGt < 2:392155/150‑1 (MQ=255) cGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGt < 1:1573384/150‑1 (MQ=255) cTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCaa < 2:884719/150‑1 (MQ=255) cTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCaa < 2:561823/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGcgtcgt > 2:584154/1‑101 (MQ=255) cATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGcgtcgt < 1:584154/101‑1 (MQ=255) tGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTcgc > 2:665261/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTcgcg > 2:1785654/1‑150 (MQ=255) cggTGGCG‑ATGCCGGCATGCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCgcgc > 1:878421/3‑150 (MQ=255) cggTGGCG‑ATGCCGGCATGCGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCgcgc > 1:1089994/3‑150 (MQ=255) ggCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCaga < 2:1219426/150‑1 (MQ=255) cATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAgcgc < 1:1887149/150‑1 (MQ=255) gCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCATGGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTc < 2:2245034/150‑1 (MQ=255) cGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTCGa > 2:2100074/1‑150 (MQ=255) cAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCGCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCGAGAGCGCTGCGATCa < 2:1552867/150‑1 (MQ=255) cAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTCGAGCa < 1:205046/150‑1 (MQ=255) t‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTCGAGCAgg > 2:789695/1‑150 (MQ=255) | CAGCGATGCTGCGCTCGCCCTGTTGCTCGGAAGTGCCGCTCACCACATCGTCGATCAGCTTGTCGGTCAGTTCCGGTGCTGGCAGGTACGTCCAGGGCAGCTTCAGGGCTGGGCCGAACTGTGACATGAAGTGGCGCATGCCGGCAT‑CGCCACCGGCCAGGGTATAGGTAAGGAATGTGCCCATGAACGACCAGCGCAAGCCTGCGCCAAAGCGAATCGCGTCGTCGATTTCGCCCGTGGTGGCAACTCCGTCGTTGACCAGGTGCAAGGCCTCGCGCCAGAGCGCTTCGAGCAGG > NC_002947/362612‑362907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |