| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,882,252:1 | +A | 5.6% | coding (1290/1356 nt) | uacT → | uric acid permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,882,252 | 1 | . | A | 5.6% | 366.5 / 13.7 | 90 | coding (1290/1356 nt) | uacT | uric acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (44/41); new base A (2/3); total (46/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
CGCCGCAACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGCCC > NC_002947/4882103‑4882400 | cgccgcAACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAc < 2:1297364/150‑1 (MQ=255) gcAACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTAc < 1:1282175/150‑1 (MQ=255) gcAACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTAc < 2:954414/150‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGtt > 1:1086226/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCaa < 2:1497464/150‑1 (MQ=255) gttgCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCtt > 2:1690578/1‑150 (MQ=255) gttgCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCAGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGATGTTGAACAGTAC‑GTTCAACaccagg < 1:12577/150‑6 (MQ=255) ccGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGCAGTTCTGTGCCCATATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCg < 1:1141997/150‑1 (MQ=255) 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tgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTc < 2:408585/134‑1 (MQ=255) tgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTc > 1:408585/1‑134 (MQ=255) tgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGACACCAGCATTGAGCCAAggg < 2:1325075/82‑1 (MQ=255) tgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGACACCAGCATTGAGCCAAggg > 1:1325075/1‑82 (MQ=255) gtTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACTTCGACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGt < 1:677446/150‑1 (MQ=255) ttGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCTTGCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTc > 2:677446/1‑150 (MQ=255) ttGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTc < 1:2323299/150‑1 (MQ=255) gtGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTc > 2:1738545/2‑150 (MQ=255) gAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTg > 2:2140070/1‑94 (MQ=255) gAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTg < 1:2140070/94‑1 (MQ=255) aaC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATgg > 2:1168220/1‑90 (MQ=255) aaC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATgg < 1:1168220/90‑1 (MQ=255) aaC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGcccc > 2:673787/1‑97 (MQ=255) aaC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGcccc < 1:673787/97‑1 (MQ=255) aC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTGACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGccc > 2:1565256/1‑150 (MQ=255) | CGCCGCAACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGCCC > NC_002947/4882103‑4882400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |