| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 503,840:1 | +C | 9.5% | intergenic (+40/‑111) | PP_0414 → / → rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,840 | 1 | . | C | 9.5% | 498.3 / 44.8 | 126 | intergenic (+40/‑111) | PP_0414/rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (58/56); new base C (5/7); total (63/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCTCTCT > NC_002947/503693‑503986 | aTTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Ga < 2:2379446/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 2:2047593/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa > 2:510635/1‑150 (MQ=255) 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cGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAt > 1:165042/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAtt < 2:2148398/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 1:1418202/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 2:540152/1‑150 (MQ=39) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAAtt < 1:1327099/59‑1 (MQ=14) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAAtt > 2:1327099/1‑59 (MQ=14) ccTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GACGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGc > 1:1530388/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAg < 1:1842627/121‑1 (MQ=255) tctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAg > 2:1842627/1‑121 (MQ=255) tctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccc > 2:1581908/1‑150 (MQ=255) ctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcccc < 2:165042/150‑1 (MQ=255) ctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcccc < 2:1316903/150‑1 (MQ=255) gcgGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCt > 1:783527/1‑80 (MQ=255) cgGCTAACGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAACTACATCCATTCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACACTGCGCGCCATCCCTG‑TTTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCa < 1:2244223/150‑1 (MQ=255) ggCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAcc < 2:809351/55‑1 (MQ=255) ggCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAt > 2:1738541/1‑150 (MQ=255) gCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAtt < 2:1513174/150‑1 (MQ=255) cTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATtc > 1:1988349/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGc < 2:712197/138‑1 (MQ=255) gCCG‑GAAGAGACCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTctctct > 2:171517/1‑150 (MQ=255) | ATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCA‑CCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCTCTCT > NC_002947/503693‑503986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |