| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,687,673:1 | +G | 5.6% | coding (1349/2061 nt) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,687,673 | 1 | . | G | 5.6% | 438.0 / 18.5 | 107 | coding (1349/2061 nt) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (52/49); new base G (2/4); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACC > NC_002947/5687527‑5687822 | tCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGtcga‑tcg > 1:1161651/1‑150 (MQ=255) ccGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGtcga‑tcga < 1:1533098/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑tcgactc < 1:1888814/150‑1 (MQ=255) 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ccGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGt < 2:1501238/150‑1 (MQ=255) cGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGTCCAGTTTGTGCGCATTGTTCGTCGTGTCCTTCACTTTGACGGCGACCTGCACTGCACTGTGGtt > 2:1109330/1‑150 (MQ=255) cGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACctgcact < 2:1428274/139‑1 (MQ=255) cGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACctgcact > 1:1428274/1‑139 (MQ=255) aaCCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGTAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGAt < 1:1109330/150‑1 (MQ=255) cccGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGAtgg < 1:1748197/150‑1 (MQ=255) ggTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCCGTGTTCTGCGTGTCCTACAGCGCGTGGGCGACCGTCACTGCACGGTGGTTGAtggtgg < 2:1835452/150‑1 (MQ=255) cga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGa < 1:385366/150‑1 (MQ=255) ga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg > 1:861818/1‑135 (MQ=255) ga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACtgtg < 2:861818/135‑1 (MQ=255) ga‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACCGCACTGTGGTTGATGGTGGCGAc > 1:815960/1‑150 (MQ=255) a‑tcgaCTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGAcc > 1:1743869/1‑150 (MQ=255) | TCCGCTTGGCGGTGTCCTGGATCTGCTCGCGAATGTTGTCCATGCCGTTGATGGTGTTGTGCACCACCTCGTTGCCCTTGTTGGCAATGGCCACCGAACGCTCGGCCACCTTGGCCGATTCGTAGGCATGCGCCGAAACCCGGTCGA‑TCGACTCGACCATGTCACCCACCGCCTCGGAGGCCTCGCTGATCTGTGCAGCCTGGTGCTCGGAGGCCTTGGCCAGTTGCCGCGCAGTGTTCTGCGTGTCCTGCACGGCGGCGGCGACCTGCACTGCACTGTGGTTGATGGTGGCGACC > NC_002947/5687527‑5687822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |