| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 612,737:1 | +T | 7.8% | coding (1448/1896 nt) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 612,737 | 1 | . | T | 7.8% | 494.6 / 32.3 | 128 | coding (1448/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (60/58); new base T (4/6); total (64/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCC > NC_002947/612590‑612886 | aTCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCg‑gg > 1:942853/1‑150 (MQ=255) tCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGt > 1:522788/1‑150 (MQ=255) tGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTAc < 2:1515268/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTAcc > 2:1357061/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCg > 1:1419950/1‑150 (MQ=255) tCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACC‑CGCGTGGTACCgg < 1:250265/150‑2 (MQ=255) tCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGAGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGCTCTCCAGTCGTGCCAGGTCTCCGCTAATCGGCGCATTAGGGCCGGTACC‑CGCGTGGTACCgg < 1:250599/150‑2 (MQ=255) gCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACa > 1:1427904/1‑150 (MQ=255) ccACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAg < 1:1478876/150‑1 (MQ=255) ccACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAg > 2:1411174/1‑150 (MQ=255) cACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGc > 2:26599/1‑150 (MQ=255) aCTCGCATTGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGTGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCGGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCg < 1:2014226/150‑1 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGCTCTCCAGTCTTTGCAGGTCTCCGCTGAGCGGCGCGTTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccgg < 1:658500/150‑1 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccgg > 1:1146522/1‑150 (MQ=255) cATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAACggcccg < 2:1419950/150‑3 (MQ=255) aTGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccggg > 2:1065529/1‑150 (MQ=255) aTGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCggccggg > 1:323955/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCAGTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt < 2:416130/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGtt > 1:437600/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTg > 2:2050785/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAACGGCCCGGCCGCTGTAcg < 1:415068/150‑2 (MQ=255) cAGTTGTCCGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGTCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCACGTCTCCCCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAg < 1:1390105/150‑1 (MQ=255) gTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGt > 2:1101333/1‑150 (MQ=255) gTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGt < 1:1411174/150‑1 (MQ=255) ttGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTg < 2:1146522/150‑1 (MQ=255) gTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGc > 1:561809/1‑150 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGGCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGCTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGAACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGcc > 2:2198449/1‑150 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGcc > 1:2348494/1‑150 (MQ=255) gCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGt > 1:1518289/1‑150 (MQ=255) cGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGc > 1:1191368/1‑150 (MQ=255) gAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTa < 2:1424085/116‑1 (MQ=255) gAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCt < 2:1191368/150‑1 (MQ=255) acacCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGa < 1:4356/150‑1 (MQ=255) 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aGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAgg > 1:1433968/1‑150 (MQ=255) tctcCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTAc < 1:921249/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGAc < 1:2329881/150‑1 (MQ=255) cGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTa < 1:733006/150‑1 (MQ=255) cGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCCCGCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTa < 1:633636/150‑1 (MQ=255) gcgcATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGc > 1:1795814/1‑150 (MQ=255) gcATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCAc < 2:1495238/107‑1 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa < 1:1557284/99‑1 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa > 2:1557284/5‑103 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTAAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa < 1:354066/99‑1 (MQ=255) tgtacGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTAAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa > 2:354066/5‑103 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGTCTGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCg > 1:803952/1‑150 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTg < 2:1094107/144‑1 (MQ=255) gggCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTg > 1:1094107/1‑144 (MQ=255) gCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTg < 1:1772341/150‑1 (MQ=255) ccGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTgg < 1:2140395/150‑1 (MQ=255) cGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGa < 1:1141574/57‑1 (MQ=37) cGGTACC‑CGCGTGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGa > 2:1141574/1‑57 (MQ=37) gTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTc > 2:76797/1‑150 (MQ=255) ccACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCggg > 2:1210896/1‑150 (MQ=255) cg‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGCGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTc < 1:1748079/150‑1 (MQ=255) g‑ggTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTcc < 2:2233122/150‑1 (MQ=255) | ATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCG‑GGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCC > NC_002947/612590‑612886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |